决定因素从酿酒酵母saccharopine脱氢酶的底物特异性。

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徐H、西啊,库克PF

决定因素从酿酒酵母saccharopine脱氢酶的底物特异性。

生物化学。2007年6月26日,46 (25):7625 - 36。Epub 2007 6月2。

PubMed ID

17542618 (在PubMed

]

文摘

NADH的调查、alpha-Kg和赖氨酸类似物一直在试图定义saccharopine脱氢酶的底物特异性和识别官能团对衬底基板和二核苷酸重要绑定。NAD的类似物,包括辅酶ii, 3-acetylpyridine腺嘌呤二核苷酸(3-APAD) 3-pyridinealdehyde腺嘌呤二核苷酸(3-PAAD)和thionicotinamide腺嘌呤二核苷酸(thio-NAD),可以作为底物的氧化脱氨基作用的反应,是可以alpha-keto类似物,包括乙醛酸、丙酮酸,alpha-ketobutyrate, alpha-ketovalerate alpha-ketomalonate, alpha-ketoadipate。抑制用核苷酸类似物的研究表明大多数的结合能的二核苷酸来自AMP部分和截然不同的构象在绑定生成的氧化,减少二核苷酸。除了2的磷酸作为后续的NADPH导致可怜的绑定基质对辅酶绑定和催化但几乎没有影响。此外,10倍的亲和力下降3-APAD NAD相比表明,烟酰胺环绑定口袋是亲水的。广泛的抑制研究使用脂肪族和芳香族酮酸类似物进行了来洞察酮酸绑定的口袋里。数据表明,与三个碳侧链(从alpha-keto组包括侧链羧酸盐)是最优的。此外,c1单元之间的距离和C5羧酸盐为绑定alpha-keto酸也很重要;alpha-oxo组10倍有助于亲和力。酮酸绑定口袋是相对较大的、灵活的和可容纳的笨重的芳环吡啶二羧酸与一个负电荷C3但不是C4的位置。 However, the amino acid binding site is hydrophobic, and the optimal length of the hydrophobic portion of the amino acid carbon side chain is three or four carbons. In addition, the amino acid binding pocket can accommodate a branch at the gamma-carbon, but not at the beta-carbon.

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药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
NADH	Alpha-aminoadipic semialdehyde合酶、线粒体	蛋白质	人类	未知的	不可用	细节