染色体和基因拷贝数变异使利什曼虫的主要物种和品种之间的结构性变化。
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罗杰斯MB, Hilley JD,狄更斯新泽西,威尔克斯J,贝茨PA, Depledge DP,哈里斯D, Y, Herzyk P,导演今村昌平H,奥托TD,桑德斯M,西格K,雅JC,贝里曼M,史密斯DF, Hertz-Fowler C, Mottram JC
染色体和基因拷贝数变异使利什曼虫的主要物种和品种之间的结构性变化。
基因组研究》2011年12月,21 (12):2129 - 42。doi: 10.1101 / gr.122945.111。Epub 2011年10月28日。
- PubMed ID
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22038252 (在PubMed]
- 文摘
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利什曼虫寄生虫引起一系列的临床病理学在人类从毁容皮肤病变到致命的内脏利什曼病。我们已经生成了一个参考基因组利什曼虫墨西哥和精制利什曼虫主要的参考基因组,婴儿利什曼虫、利什曼虫braziliensis。这使得数量非常低的基因的识别或假字组(2、14、19和67年,分别)一个物种所特有的。这些发现在额外的隔离相同的物种是守恒的。我们预测等位变异和发现在这些隔离,l .主要和l . infantum出奇地低数量的预测杂合的单核苷酸多态性与原虫和l .墨西哥。我们使用短阅读报道来推断倍性和基因拷贝数,确定物种之间拷贝数变化大,与200年l .串联基因阵列主要和132 l .墨西哥。染色体拷贝数也在物种之间存在着显著的差异,9个超数染色体l . infantum 4 l .墨西哥两个原虫,和一个在l .专业。很大的偏见基因阵列超数染色体上被证明存在,表明重复事件发生更频繁地在二体的染色体。综上所述,我们的数据表明,很少有独特的基因的变化内容在利什曼虫物种中,但大规模的遗传异质性可以通过基因扩增结果二体的染色体和染色体数目的变化。由于染色体扩增基因拷贝数的增加可能导致基因表达的改变在主机响应环境条件,提供遗传基础疾病取向。