抗体结构的稳定在协会第九人类碳酸酐酶抗原决定基研究了x射线晶体学,微量热法和分子动力学模拟。
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Kral V,马德尔P,羽衣甘蓝R, Fabry M, Horejsi M, Rezacova P, Kozisek M, Zavada J, Sedlacek J, Rulisek L, Brynda J
抗体结构的稳定在协会第九人类碳酸酐酶抗原决定基研究了x射线晶体学,微量热法和分子动力学模拟。
蛋白质。2008年5月15日,71 (3):1275 - 87。
- PubMed ID
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18041760 (在PubMed]
- 文摘
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特定的抗体干扰人类肿瘤相关的函数第九碳酸酐酶(CA第九),并显示潜在作为抗癌干预的工具。在这项工作中,结构元素之间的相关性和热力学参数协会的抗体片段外事局M75肽相应的抗原决定基在proteoglycan-like域CA第九,。比较自由Fab M75的晶体结构及其复杂的表位肽揭示CDR-H1和CDR-H3的主要调整。相比之下,整体构象和CDR-H2和CDR-L2保持不变的,和他们的带正电的残留可能因此固定帧抗原决定基的认可。采用改变CDR-H3构象复杂的结构是伴随着明显的局部稳定。分析域迁移与translation-libration-screw (TLS)方法表明,整个重链可变域的振动(V (H))减少和调整复杂,这与参与相关配体的重链绑定。等温滴定微量热法(ITC)实验显示高度不宜熵,可以认为主要是为了减少系统的自由度,构象多肽和自由的丧失部分本地CDR-H3稳定。此外,它是观察到一个质子从环境转移到protein-ligand复杂的绑定。分子动力学模拟了分子力学/广义出生的表面积(MM-GBSA)计算配体(表位肽)的结合能产生能量与ITC测量值在协议和表明,残留在抗原决定基绑定中发挥至关重要的作用。理论观点提出了这项工作表明,两个相邻精氨酸残基(ArgH50和ArgH52)负责观察质子转移。