大规模单一氨基酸变化的量化variation-associated数据库搜索策略。必威国际app
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王歌C、F,程K,魏X, Y扁,王K,谭Y,王H,你们M,邹H
大规模单一氨基酸变化的量化variation-associated数据库搜索策略。必威国际app
J蛋白质组研究》2014年1月3;13 (1):241 - 8。doi: 10.1021 / pr400544j。Epub 2013年11月25日。
- PubMed ID
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24237036 (在PubMed]
- 文摘
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全球量化单一氨基酸的变化(SAAVs)是至关重要的在疾病进展调查SAAVs的角色。然而,一些努力已经在这个问题上由于缺乏高吞吐量的方法。在这里,我们提出了一个集成策略的稳定同位素标记二甲酯variation-associated数据库搜索全球量化SAAVs在第一次。必威国际app蛋白质数据库包含87745氨基酸变异蛋白质序列和73910 UniProtKB / Swiss-Prot规范条目构造数据库搜索,和更高的能量碰撞离解结合collision-induced离解碎片模式被应用于改善量化SAAVs的报道。必威国际app与目标蛋白质组学中只有少数网站可以量化,多达282个独特SAAVs网站之间的量化肝细胞癌(HCC)和正常的人类肝脏组织的策略。变异率在不同的样品进行评估,并与显著增加一些有趣的SAAVs标准化量化比率,如T1406N CPS1和S197R HTATIP2,观察与HCC进展高度关联。因此,新开发的策略使大规模蛋白质水平变化的比较分析和持有相关的研究发展前景的变化。必威国际app