Proteogenomic结核分枝杆菌通过高分辨率质谱分析。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
Kelkar DS, Kumar D·P·L Muthusamy B, Yadav AK, Shrivastava P, Marimuthu, Anand年代,《H,金斯伯里R, Harsha HC, Nair B,普拉萨德TS, Chauhan DS, Katoch K, Katoch VM, Kumar P, Chaerkady R,拉马钱德兰年代,D, Pandey
Proteogenomic结核分枝杆菌通过高分辨率质谱分析。
摩尔细胞蛋白质组学。2011;12月10 (12):M111.011627。doi: 10.1074 / mcp.M111.011445。Epub 2011年10月3。
- PubMed ID
-
21969609 (在PubMed]
- 文摘
-
H37Rv株结核分枝杆菌的基因组测序已经完成之后,1998年临床分离的全基因组测序,CDC1551在2002年。自那时以来,许多其他菌株的基因组序列可用做最好的一个研究致病性细菌物种在基因水平。然而,其基因组的注释仍然是具有挑战性的,因为高GC含量和其他模型原核生物不同。为此,我们进行了深入的proteogenomic分析结核分枝杆菌H37Rv应变使用傅里叶变换质谱和高分辨率的女士和女士串联水平。我们确定了3176蛋白结核分枝杆菌代表~预测基因总数的80%。除了蛋白质数据库搜索,我们进行了基因组数据库搜索,导致小说~ 2必威国际app50肽的识别。根据这些新的基因组搜索特定肽,我们发现41小说在H37R必威国际appv基因组蛋白质编码的基因。使用肽证据和替代基因预测工具,我们还纠正79基因模型。最后,N terminus-derived肽的质谱数据证实727年现有注释转化开始为33个网站同时纠正那些蛋白质。我们报告创建一套高信心结核分枝杆菌基因组蛋白质编码区域的高分辨率质谱仪串联得到的前体和片段首次检测步骤。 This proteogenomic approach should be generally applicable to other organisms whose genomes have already been sequenced for obtaining a more accurate catalogue of protein-coding genes.
DrugBank数据引用了这篇文章
- 多肽
-
的名字 UniProt ID 可能的纤维素酶CelA1(内切葡聚糖酶)(Endo-1 4-beta-glucanase) (FI-cmcase)(羧甲基纤维素) Q79G13 细节 环丙烷霉菌酸合成酶MmaA2 Q79FX6 细节 环化酶 O07732 细节 守恒的蛋白质 O53240 细节 Hydroxymycolate合成酶MmaA4 Q79FX8 细节 DNA-directed RNA聚合酶β亚基的 P9WGY7 细节 可能arabinosyltransferase一 P9WNL9 细节 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase P9WNC7 细节 可能arabinosyltransferase B P9WNL7 细节 Enoyl——(酰基载体蛋白质)还原酶(NADH) P9WGR1 细节 Catalase-peroxidase P9WIE5 细节 可能arabinosyltransferase C P9WNL5 细节 环丙烷霉菌酸合酶2 P9WPB5 细节 Thymidylate激酶 P9WKE1 细节 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine合酶 P9WHE9 细节 脱氧尿苷5 '三磷酸nucleotidohydrolase P9WNS5 细节 Nicotinate-nucleotide焦磷酸化酶(羟) P9WJJ7 细节 细胞分裂的蛋白质FtsZ P9WN95 细节 NADPH-ferredoxin还原酶FprA P9WIQ3 细节 泛酸酯合成酶 P9WIL5 细节 嘌呤核苷磷酸化酶 P9WP01 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶PknB P9WI81 细节 3-alpha——(或20-beta) -hydroxysteroid脱氢酶 P9WGT1 细节 二酰基甘油酰基转移酶/ mycolyltransferase Ag85C P9WQN9 细节 假定的4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate醛缩酶 P9WGY3 细节 3-oxoacyl -酰基载体蛋白质合酶3 P9WNG3 细节 2-isopropylmalate合酶 P9WQB3 细节 苹果酸合成酶G P9WK17 细节 异柠檬酸裂解酶 P9WKK7 细节 3-dehydroquinate脱水酶 P9WPX7 细节 Mycocyclosin合酶 P9WPP7 细节 二氢叶酸还原酶 P9WNX1 细节 Dihydropteroate合酶 P9WND1 细节 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate还原酶 P9WP23 细节 D-3-phosphoglycerate脱氢酶 P9WNX3 细节 环丙烷霉菌酸合酶3 P9WPB3 细节 谷氨酰胺合成酶 P9WN39 细节 组1血红蛋白GlbN截短 P9WN25 细节 氨基糖苷类2》-N-acetyltransferase P9WQG9 细节 Inositol-3-phosphate合酶 P9WKI1 细节 柠檬酸裂解酶亚基beta-like蛋白质 P9WPE1 细节 鸟苷激酶 P9WKE9 细节 Mycothiol乙酰转移酶 P9WJM7 细节 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA合酶 P9WNP5 细节 HTH-type转录监管机构EthR P9WMC1 细节 Ribose-5-phosphate异构酶B P9WKD7 细节 NAD (P) H脱氢酶(醌) P9WHH7 细节 UDP-galactopyranose变位酶 P9WIQ1 细节 可能的硫醇过氧化物酶 P9WG35 细节 5-epimerase dTDP-4-dehydrorhamnose 3日 P9WH11 细节 蛋白酶体亚基α P9WHU1 细节 环丙烷霉菌酸合酶1 P9WPB7 细节 Adenosylhomocysteinase P9WGV3 细节 丝氨酸/ threonine-protein激酶PknG P9WI73 细节 Octanoyltransferase P9WK83 细节 ATP-dependent dethiobiotin合成酶生气 P9WPQ5 细节 细胞色素P450 130 P9WPN5 细节 甲硫氨酸氨肽酶2 P9WK19 细节 (2 z, 6 e)通过二磷酸合酶 P9WFF5 细节 Decaprenyl二磷酸合酶 P9WFF7 细节 4、9、10-diseco-3-hydroxy-5 9 17-trioxoandrosta-1 (10), 2-diene-4-oate水解酶 P9WNH5 细节 可能L-lysine-epsilon转氨酶 P9WQ77 细节 蛋白酶体β亚基 P9WHT9 细节 R2-like配体结合氧化酶 P9WH69 细节 肽deformylase P9WIJ3 细节 Iron-dependent extradiol加双氧酶 P9WNW7 细节 3-oxoacyl -酰基载体蛋白质合成酶1 P9WQD9 细节 分泌chorismate变位酶 P9WIB9 细节 芳基胺N-acetyltransferase P9WJI5 细节 Deazaflavin-dependent硝基还原酶 P9WP15 细节 Nucleoid-associated蛋白质Lsr2 P9WIP7 细节 但一个个MFS-type运输车EfpA P9WJY5 细节 16 s / 23 s rRNA (cytidine-2 ' - o)甲基转移酶TlyA P9WJ63 细节 可能的脂肪酸合成酶Fas(脂肪酸合成酶) P95029 细节