古典极化混合QM / MM方法。
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伊林沃思CJ,古丁SR,韦恩PJ,琼斯GA, Ferenczy GG,雷诺兹CA
古典极化混合QM / MM方法。
J理论物理化学a . 2006年5月25日,110 (20):6487 - 97。
- PubMed ID
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16706406 (在PubMed]
- 文摘
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我们已经提出了一个在混合建模方法极化QM / MM计算。表达的方法,诱导偶极子作为一组“诱导”的指控,是基于诱导偶极子计算方法和方法论potential-derived点费用从分布式多极系列。该方法的优点是可以使用相同的方法来确定感应电荷和潜在的派生指控这两组费用严格定义在同一个框架。这根本与波函数使得该方法特别适用于混合QM / MM计算。我们评估的重要性显式极化在古典的一部分QM / MM系统对于提高经典描述,进而影响量子描述。感生电荷的方法的主要优点是,该方法很容易与量子力学方法和界面上的感应电荷比诱导偶极子更容易解释。易于解释了分析二聚的所涉及的费用和三聚物的氢结合系统。方法治疗MM极化被指控的回归分析验证诱导在QM与那些来自MM系统完整的量子力学计算。方法也使用两种能量分解的方法进行验证,表明MM极化使一个重要的和可靠的贡献QM - MM在混合动力系统相互作用能。感应电荷的距离依赖研究在计算methylsuccinyl-Ala-Ala-Pro-Ala chlormethyl酮相互作用与人类嗜中性粒细胞弹性蛋白酶和普萘洛尔与天冬酰胺残留交互模型β(2)肾上腺素能受体。