targetTB:目标识别管道通过interactome结核分枝杆菌,reactome和公司结构的分析。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
拉曼K, Yeturu K,钱德拉N
targetTB:目标识别管道通过interactome结核分枝杆菌,reactome和公司结构的分析。
BMC系统杂志。2008年12月19日,2:109。doi: 10.1186 / 1752-0509-2-109。
- PubMed ID
-
19099550 (在PubMed]
- 文摘
-
背景:肺结核传染病仍然是最大的杀手之一,需要更新目标的识别和药物。识别和验证适当的目标设计药物在药物发现是至关重要的步骤,这是目前主要的瓶颈。大多数药物在目前临床用于许多疾病设计的知识目标,也许是因为标准高通量的方式方法来确定这些目标并不真正存在。用不同的“组学”现在可用的数据,计算方法可以获得使通过初审的强大方法可能的目标进行进一步的实验验证。结果:我们报告全面在硅片目标识别管道,targetTB结核分枝杆菌。管道包括一个网络分析的蛋白质interactome, reactome通量平衡分析,实验推导出表型数据重要性,序列分析和结构评估targetability,最近由我们开发使用新型算法。使用通量平衡分析和网络分析,对生存至关重要的蛋白质的结核分枝杆菌首次发现,紧随其后的是比较基因组学与主机,最后将结合位点的小说结构分析来评估蛋白质作为目标的可行性。进一步的分析包括相关蛋白质表达数据和non-similarity肠道菌群以及anti-targets在宿主体内,导致451年的识别高信任度的目标。通过系统分析对228病原体基因组,入围目标得到进一步发掘识别广谱抗生素目标,同时识别这些特定于肺结核。目标地址分枝杆菌持久性和耐药机制也进行了分析。 CONCLUSION: The pipeline developed provides rational schema for drug target identification that are likely to have high rates of success, which is expected to save enormous amounts of money, resources and time in the drug discovery process. A thorough comparison with previously suggested targets in the literature demonstrates the usefulness of the integrated approach used in our study, highlighting the importance of systems-level analyses in particular. The method has the potential to be used as a general strategy for target identification and validation and hence significantly impact most drug discovery programmes.
DrugBank数据引用了这篇文章
- 多肽
-
的名字 UniProt ID 环丙烷霉菌酸合成酶MmaA2 Q79FX6 细节 Hydroxymycolate合成酶MmaA4 Q79FX8 细节 可能arabinosyltransferase一 P9WNL9 细节 Enoyl——(酰基载体蛋白质)还原酶(NADH) P9WGR1 细节 Catalase-peroxidase P9WIE5 细节 可能arabinosyltransferase C P9WNL5 细节 环丙烷霉菌酸合酶2 P9WPB5 细节 Thymidylate激酶 P9WKE1 细节 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine合酶 P9WHE9 细节 泛酸酯合成酶 P9WIL5 细节 二酰基甘油酰基转移酶/ mycolyltransferase Ag85C P9WQN9 细节 假定的4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate醛缩酶 P9WGY3 细节 3-oxoacyl -酰基载体蛋白质合酶3 P9WNG3 细节 2-isopropylmalate合酶 P9WQB3 细节 3-dehydroquinate脱水酶 P9WPX7 细节 Mycocyclosin合酶 P9WPP7 细节 D-3-phosphoglycerate脱氢酶 P9WNX3 细节 环丙烷霉菌酸合酶3 P9WPB3 细节 组1血红蛋白GlbN截短 P9WN25 细节 Mycothiol乙酰转移酶 P9WJM7 细节 NAD (P) H脱氢酶(醌) P9WHH7 细节 5-epimerase dTDP-4-dehydrorhamnose 3日 P9WH11 细节 蛋白酶体亚基α P9WHU1 细节 可能L-lysine-epsilon转氨酶 P9WQ77 细节 肽deformylase P9WIJ3 细节 分泌chorismate变位酶 P9WIB9 细节 芳基胺N-acetyltransferase P9WJI5 细节 ATP合酶亚基c P9WPS1 细节