组蛋白赖氨酸甲基转移酶的催化机理和产品特异性SET7/9:一个从头开始QM / MM-FE研究与多个初始结构。
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胡锦涛P,张Y
组蛋白赖氨酸甲基转移酶的催化机理和产品特异性SET7/9:一个从头开始QM / MM-FE研究与多个初始结构。
J是化学Soc。2006年2月1;128 (4):1272 - 8。
- PubMed ID
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16433545 (在PubMed]
- 文摘
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组蛋白赖氨酸甲基化正成为一个重要的机制来调节染色质结构和基因活动。提供理论理解的反应机理和产品特异性,从头开始量子力学、分子力学自由能(QM / MM-FE)计算和分子动力学模拟进行了探讨组蛋白赖氨酸甲基转移酶SET7/9。由SET7/9发现甲基转移催化反应是一个典型的在线S (N) 2亲核取代反应的过渡态70%离解的性格。计算平均自由能量势垒的MP2 (6-31 + G) QM / MM级别是20.4 + / - 1.1千卡/摩尔,符合20.9千卡/摩尔估计的活化障碍实验反应速率。障碍波动有很强的相关性与亲核攻击距离和角度在反应物复杂。的计算结果表明,该产品特异性SET7/9 monomethyltransferase是通过破坏dimethylation near-attack构象的形成反应。