海洋热toga的基因组组织反映了它的生活方式。

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Latif H, Lerman JA, Portnoy VA, Tarasova Y, Nagarajan H, schrpe - rutledge AC, Smith RD, Adkins JN, Lee DH, Qiu Y, Zengler K

海洋热toga的基因组组织反映了它的生活方式。

公共科学学报，2013年4月;9(4):e1003485。doi: 10.1371 / journal.pgen.1003485。Epub 2013年4月25日。

PubMed ID

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摘要

基因组尺度数据的生成正变得越来越常规，但组学数据的后续分析仍然是一个重大挑战。在这里，开发了一种将多个组学数据集与生物信息学工具集成在一起的方法，该方法可以产生几个微生物基因组特征的详细注释。该方法被用于描述海洋热toga(一种系统发育的深分支、超嗜热细菌)的基因组。实验数据用于全基因组重测序、转录起始位点(TSS)测定、转录组分析和蛋白质组分析。结合生物信息学工具分析这些数据集，可作为改进基因注释、阐明转录单位(TUs)、鉴定假定的非编码rna (ncRNAs)以及确定启动子和核糖体结合位点的基础。这揭示了海洋T.的基因组组织相对于其他细菌的许多独特性质。该基因组每TU含有大量的基因(3.3个)，缺乏推定的ncrna(12个)，很少有TU具有多个tss(3.7%)。启动子和核糖体结合位点的定量分析表明，相对于其他细菌，序列保守性增加。5' utr呈非典型双峰长度分布，包括“短”5' utr (11-17 nt)和“普通”5' utr (26-32 nt)。对于大多数TUs来说，由于缺乏基因间空间，转录调控受到限制。 Lastly, a high fraction of annotated genes are expressed independent of growth state and a linear correlation of mRNA/protein is observed (Pearson r = 0.63, p<2.2 x 10(-16) t-test). These distinctive properties are hypothesized to be a reflection of this organism's hyperthermophilic lifestyle and could yield novel insights into the evolutionary trajectory of microbial life on earth.

引用本文的药物库数据

多肽

名字	UniProt ID
核黄素生物合成蛋白	Q9WZW1	细节
甘露糖苷ABC运输系统，糖结合蛋白	Q9X0V0	细节
转录调控因子，IclR家族	Q9WXS0	细节
推定的l -鼠李糖突变酶	Q9X0F9	细节
推定的脱氧核糖核酸酶YcfH	Q9WZD5	细节
嘌呤核苷磷酸化酶	Q9X1T2	细节
Laminarinase	Q9WXN1	细节
L-allo-threonine醛缩酶	Q9X266	细节
tRNA-dihydrouridine合酶	Q9WXV1	细节
醇脱氢酶，含铁	Q9X022	细节
依赖nadh的丁醇脱氢酶A	Q9WZS7	细节
氧化还原酶，aldo/keto还原酶家族	Q9X0A2	细节
核糖5-磷酸异构酶B	Q9X0G9	细节
无特征的蛋白质	Q9X0P2	细节
信号识别粒子受体FtsY	Q9WZ40	细节
甘油摄取操纵子抗终止子调节蛋白	Q9X1F0	细节
杆状决定蛋白MreB	Q9WZ57	细节
5-甲基四氢叶酸s -同型半胱氨酸甲基转移酶	Q9WYA5	细节
传感器组氨酸激酶	Q9X180	细节