分子动力学研究之间的绑定识别几个4,5和4,6-linked氨基糖甙类网站RNA。
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陈SY,林TH
分子动力学研究之间的绑定识别几个4,5和4,6-linked氨基糖甙类网站RNA。
J摩尔Recognit。2010; 9月- 10月23 (5):423 - 34。doi: 10.1002 / jmr.1008。
- PubMed ID
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20029836 (在PubMed]
- 文摘
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分子动力学(MD)模拟已经执行了两套氨基苷类抗生素用RNA双氨酰解码对应的16 s rRNA的能量和动态绑定几个氨基糖甙类。结合自由能,基本动力学和水化分析进行了描述动态的属性与每组之间的绑定识别相关抗生素和RNA双工。我们建立了多个动态模型合理的结合自由能表现出良好的相关性与实验数据。我们还进行了一次水化分析一些长期居留权水分子检测在U1406 W8和W49网站。U1495一对和绑定发现重要的识别,导致一些明显的拉伸的这双动态变化研究。此外,我们还发现水化网站停留时间较长的确定第三环之间的两个4,6-linked抗生素(妥布霉素和卡那霉素)和磷酸盐氧原子G1405 / U1406可能值得进一步探索理性药物设计。