很少应用分子动力学模拟来确定采样配体构象州undecaprenyl焦磷酸合酶、抗菌的目标。
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C - W, de Oliveira,威廉姆斯,Van Wynsberghe, Durrant JD,曹R,奥德菲尔德E, McCammon农协
很少应用分子动力学模拟来确定采样配体构象州undecaprenyl焦磷酸合酶、抗菌的目标。
化学生物药物洗脱支架。2011年6月,77 (6):412 - 20。doi: 10.1111 / j.1747-0285.2011.01101.x。Epub 2011年3月29日。
- PubMed ID
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21294851 (在PubMed]
- 文摘
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Undecaprenyl焦磷酸合成酶是cis-prenyltransferase酶,它需要在细菌细胞壁的生物合成。Undecaprenyl焦磷酸合酶是一个有吸引力的目标,抗菌治疗。我们进行分子动力学模拟和对接研究undecaprenyl焦磷酸合成酶研究其动态行为和蛋白质的影响设计的灵活性undecaprenyl焦磷酸合酶抑制剂。我们还描述第x射线晶体结构大肠杆菌apo-undecaprenyl焦磷酸合酶。分子动力学模拟表明,undecaprenyl焦磷酸合酶是一种高度灵活的蛋白,与手机绑定网站里活跃。通过对接研究与实验验证undecaprenyl焦磷酸合酶抑制剂使用高和稀少构象州从分子动力学模拟中提取,我们表明,结构不同的化合物可以优先与不同,很少采样相结合构象状态。通过执行结构分析新获得的apo-undecaprenyl焦磷酸合酶和其他晶体结构之前公布,我们表明,改变分子动力学模拟过程中观察到晶体结构非常相似的配体的存在与否。我们相信这是第一次,一个罕见的“扩大口袋”状态,药物设计的关键和验证通过晶体学,一直从分子动力学模拟。