Non-EST基于预测外显子跳过和使用包含基因内区保留事件信息。
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希勒米,针对K, Platzer M, Backofen R
Non-EST基于预测外显子跳过和使用包含基因内区保留事件信息。
核酸研究》2005年10月4日,33(17):5611 - 21所示。打印2005。
- PubMed ID
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16204458 (在PubMed]
- 文摘
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大多数已知的替代拼接事件被检测到的比较表达序列标签(est)和互补。然而,并非所有的剪接事件表示EST以来EST数据库有一些偏见。因此,基于non-EST方法需要转录组的扩展我们的视野。在这里,我们描述了一个新颖的方法从头开始替代剪接事件的预测仅仅基于包含域的注释。此外,我们这种方法以全基因组的方式适用于所有人类RefSeq成绩单和预测321跳外显子和内含子滞留事件。我们表明,这种方法非常可靠的78%(250 321)证实了我们的预测是est序列或者互补。后续分析剪接事件包含域内显示明显偏好的选择外显子连接位于蛋白质表面,以避免二级结构元素。因此,剪接事件中包含了有可能改变一个域的结构和功能使他们非常有趣的生物调查的详细。作为域包含了注释在许多其他物种,我们的战略预测跳外显子和内含子保留事件可能是重要的物种数量较低的est序列。