肽deformylase anti-Helicobacter螺杆菌药物是一个潜在的目标:反向对接,酶测定、x射线晶体学验证。
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Cai J,汉族C,胡锦涛T,张J,吴D, F王,刘Y,丁J, K,曰J,沈X,江H
肽deformylase anti-Helicobacter螺杆菌药物是一个潜在的目标:反向对接,酶测定、x射线晶体学验证。
蛋白质科学。2006年9月,15 (9):2071 - 81。Epub 2006 8月1。
- PubMed ID
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16882991 (在PubMed]
- 文摘
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殖民的人类胃幽门螺旋杆菌是主要的诱发因素肠胃疾病和胃癌。然而,anti-H的发现。螺杆菌代理是一个艰巨的任务由于缺乏成熟的蛋白质的目标。因此,识别新的分子靶点开发新的抗幽门螺杆菌药物显然是必要的。在这项研究中,内部潜在的药物目标数据库(PDTD, http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/)搜索通过反向对接的方法使用一个活跃的自然产物(化合物1)由anti-H发现的。必威国际app螺杆菌作为探针筛选。同源性搜索显示,在必威国际app15个候选人由反向对接,发现只有diaminopimelate脱羧酶(DC)和肽deformylase (PDF)对幽门螺旋杆菌的基因组同源蛋白质。酶法测定了化合物1和它的导数化合物2是强有力的抑制剂对幽门螺杆菌PDF (HpPDF) 10.8和1.25 microM IC50值,分别。HpPDF x射线晶体结构与配合物1和2的HpPDF首次测定,表明这两种抑制剂结合HpPDF绑定的口袋里。这些结果表明,HpPDF新anti-H筛查是一个潜在的目标。 pylori agents. In addition, compounds 1 and 2 were predicted to bind to HpPDF with relatively high selectivity, suggesting they can be used as leads for developing new anti-H. pylori agents. The results demonstrated that our strategy, reverse docking in conjunction with bioassay and structural biology, is effective and can be used as a complementary approach of functional genomics and chemical biology in target identification.