分子对接揭示小说为芬太尼在mu-opioid受体结合位点模型。

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萨勃拉曼尼亚克,Paterlini毫克,Portoghese PS,弗格森DM

分子对接揭示小说为芬太尼在mu-opioid受体结合位点模型。

J医学杂志。2000年2月10;43 (3):381 - 91。

PubMed ID

10669565 (在PubMed

]

文摘

一系列芬太尼衍生物的配位体绑定模式检查使用的结合构象分析和分子对接mu-opioid受体。凝相分子动力学模拟应用于评估潜在的配体之间的关系构造和芬太尼替换生成可能的“活性”系列的配体结构。自动对接的主要填充方案矫形器识别常见的结合位点定位,N-phenethyl群芬太尼深之间的缝隙跨膜螺旋II和III (TM)而向口袋里由TM-III N-phenylpropanamide集团预计,第六、七世域。绑定模式的分析表明最有效的芬太尼衍生物采用延长构象在解决方案和束缚态,表明亲和力可能依赖于配体的构象偏好。结果符合配体绑定数据来源于嵌合和突变体受体的研究工作以及构效关系数据报道了一个广泛的芬太尼类似物。结合位点模型也比N-phenethylnormorphine。覆盖的结合构象鸦片和cis-3-methylfentanyl显示了N-phenethyl团体占领相当于绑定域受体。虽然两配位阳离子胺类被发现停靠站点建立锚(TM-III D149),之间没有重叠观察N-phenylpropanamide组和鸦片的其余组件支架。独特的绑定模式(s)提出了芬太尼系列可以部分解释遇到的困难在mu-receptor定义的模型识别和显示阿片受体可能显示多个绑定抗原表位。此外,结果为实验设计提供新的见解,旨在理解微分选择性的配体结构基础μ-δ-,型阿片受体。

DrugBank数据引用了这篇文章

药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
3-Methylfentanyl	Mu-type阿片受体	蛋白质	人类	是的	受体激动剂	细节

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
3-Methylfentanyl	Kappa-type阿片受体	Ki (nM)	57.4	N /一个	N /一个	细节
3-Methylfentanyl	Mu-type阿片受体	Ki (nM)	0.02	N /一个	N /一个	细节
卡芬太尼	Kappa-type阿片受体	Ki (nM)	43.1	N /一个	N /一个	细节
卡芬太尼	Mu-type阿片受体	Ki (nM)	0.024	N /一个	N /一个	细节
芬太尼	Kappa-type阿片受体	Ki (nM)	196.5	N /一个	N /一个	细节
芬太尼	Mu-type阿片受体	Ki (nM)	3.97	N /一个	N /一个	细节