迭代orthology预测揭示了新的线粒体蛋白，并确定C12orf62为COX14的人类同源物，COX14是一种参与细胞色素c氧化酶组装的蛋白质。
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Szklarczyk R，万舍尔BF, Cuypers TD, Esseling JJ, Riemersma M, van den Brand MA, Gloerich J, Lasonder E, van den Heuvel LP, Nijtmans LG, Huynen MA
迭代orthology预测揭示了新的线粒体蛋白，并确定C12orf62为COX14的人类同源物，COX14是一种参与细胞色素c氧化酶组装的蛋白质。
基因组生物学，2012年2月22日;13(2):R12。doi: 10.1186 / gb - 2012 - 13 - 2 - r12。
- PubMed ID
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22356826 (PubMed视图］
- 摘要
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背景:同源性是比较基因组学的核心原则，同源性鉴定有助于蛋白质功能预测。在确定一组同源蛋白之间的同源关系方面取得了重大进展。然而，它们依赖于单个序列的比较，而不考虑发散的正交正交。结果:我们开发了一种迭代的Ortho-Profile预测方法，该方法使用序列剖面水平的互反最佳命中来推断ortho。与序列对序列比较相比，它增加了20%的正交谱检测。Ortho-Profile预测了598个来自酿酒酵母和pombe裂糖酵母的线粒体蛋白的人类同源物，准确率为94%。其中，有181种不知道定位于哺乳动物的线粒体。在Ortho-Profile方法的预测中，有11种与线粒体功能和疾病有关的人类细胞色素c氧化酶(COX)组装蛋白。它们的共同表达模式，实验验证的亚细胞定位，以及与人类cox相关蛋白的共同纯化支持这些预测。对于酿酒酵母COX14的同源基因C12orf62，我们特别确认了其在细胞色素c氧化酶翻译负调控中的作用。 CONCLUSIONS: Divergent homologs can often only be detected by comparing sequence profiles and profile-based hidden Markov models. The Ortho-Profile method takes advantage of these techniques in the quest for orthologs.