蛋白质晶体结构的大肠杆菌penicillin-binding 5绑定到一个三肽boronic酸抑制剂:ser - 110在脱酰作用的角色。

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尼古拉G, Peddi年代,Stefanova M,尼古拉斯·RA Gutheil WG,戴维斯C

蛋白质晶体结构的大肠杆菌penicillin-binding 5绑定到一个三肽boronic酸抑制剂:ser - 110在脱酰作用的角色。

生物化学。2005年6月14日,44(23):8207 - 17所示。

PubMed ID

15938610 (在PubMed

]

文摘

Penicillin-binding蛋白5 (PBP 5)大肠杆菌是一种良好的d-alanine羧肽酶,作为典型的酶来阐明的结构、功能和催化机理是。全面了解催化机理的底层d-alanine carboxypeptidation和抗生素绑定已被证明难以捉摸。在这项研究中,我们报告PBP 5的1.6分辨率晶体结构在复杂substrate-like肽boronic酸,设计类似于脱酰作用期间的过渡态中间步骤与肽底物的酶催化反应。在复杂的结构中,硼原子共价结合Ser-44,进而是Lys-47氢键距离内。这种安排进一步支持分配Lys-47激活期间Ser-44酰化的一般基础。boronyl中心的两个氢氧根(O2)是由oxyanion孔组成的酰胺Ser-44和他- 216,而另一羟基(O3),这是类似于亲核水酰基酶水解的中间,是一个水分子的溶剂化,桥梁ser - 110。Lys-47并不能够作为催化基地脱酰作用的反应。相反,这些数据表明脱酰作用的催化机理,使用一个氢键网络,包括赖氨酸- 213,ser - 110,和一个桥接水分子,在水解水分子极化。

DrugBank数据引用了这篇文章

药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
BOC-GAMMA-D-GLU-L-LYS -D-BOROALA(卡马西平)	D-alanyl-D-alanine羧肽酶DacA	蛋白质	大肠杆菌O6: H1(应变CFT073写明ATCC 700928 / / UPEC)	未知的	不可用	细节

多肽

的名字	UniProt ID
D-alanyl-D-alanine羧肽酶DacA	P0AEB2	细节