ALG-2交替剪接异构体(ALG-2DeltaGF122) alix结合缺陷的分子基础和F122在目标识别中的结构作用。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
犬冢T，铃木H，川崎M，柴田H，若月S，真木M
ALG-2交替剪接异构体(ALG-2DeltaGF122) alix结合缺陷的分子基础和F122在目标识别中的结构作用。
BMC结构生物学2010年8月6日;10:25。doi: 10.1186 / 1472-6807-10-25。
- PubMed ID
-
20691033 (PubMed视图]
- 摘要
-
背景:ALG-2 (PDCD6的一个基因产物)属于penta-EF-hand (PEF)蛋白家族，Ca2+依赖于与各种细胞内蛋白相互作用，包括哺乳动物的Alix, ESCRT系统中的一个适配器蛋白。我们之前的x射线晶体结构分析表明，Ca2+与EF3的结合使R125的侧链能够足够移动，使一个主疏水口袋(口袋1)可以接近Alix的一小段片段。F122的侧链，面对一个二级疏水口袋(口袋2)，与Alix肽相互作用。另一种被命名为ALG-2DeltaGF122的短异构体缺乏Gly121Phe122，也不与Alix结合，但这种无能的结构基础仍有待阐明。结果:我们解析了ALG-2DeltaGF122 Ca2+结合形式的PEF结构域的x射线晶体结构，并与ALG-2进行了比较。两个残基的缺失缩短了α -螺旋5 (alpha5)，并改变了R125侧链的构型，使其部分阻断了Pocket 1。由121-GFG-123主链制造的面向两个口袋的墙被摧毁。然而，令人惊讶的是，Ala或Gly取代F122，而不是Trp，增加了alix结合实验中的结合能力。F122的取代对ALG-2与其他已知相互作用蛋白的结合有不同的影响，包括TSG101(肿瘤易感基因101)和膜联蛋白A11。突变体F122A的x射线晶体结构显示，去除庞大的F122侧链不仅在Pocket 2中创造了一个额外的开放空间，而且还消除了与W95和V98的螺旋间相互作用(存在于alpha4中)，并且alpha5倾斜远离alpha4以扩大Pocket 2，这表明获得了更合适的相互作用残基位置以接受Alix。 CONCLUSIONS: We found that the inability of the two-residue shorter ALG-2 isoform to bind Alix is not due to the absence of bulky side chain of F122 but due to deformation of a main-chain wall facing pockets 1 and 2. Moreover, a residue at the position of F122 contributes to target specificity and a smaller side chain is preferable for Alix binding but not favored to bind annexin A11.