静电相互作用Hsp-organizing蛋白质tetratricopeptide域与Hsp70和一半:计算分析和蛋白质工程。
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Kajander T,萨克斯约,高盛,里根L
静电相互作用Hsp-organizing蛋白质tetratricopeptide域与Hsp70和一半:计算分析和蛋白质工程。
生物化学杂志。2009年9月11日,284 (37):25364 - 74。doi: 10.1074 / jbc.M109.033894。Epub 2009年7月7日。
- PubMed ID
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19586912 (在PubMed]
- 文摘
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Hsp-organizing蛋白(HOP)绑定到C末端的监护人Hsp70和一半,从而把人们带到一起,这样可以从Hsp70基质蛋白质。因为一半是至关重要的许多致癌蛋白的正确折叠和成熟,它已经成为一个重要的抗癌药物设计的目标。通过两个独立的tetratricopeptide跳结合Hsp70和一半(TPR)域,分别TPR1和TPR2A。我们分析了配体结合使用Poisson-Boltzmann连续静电计算,自由能微扰,分子动力学模拟,定点诱变描绘不同的相互作用的贡献的亲和力和特异性TPR-peptide交互。我们发现连续静电计算可以用于指导蛋白质设计通过消除不利的相互作用增加亲和力,与TPR2A的亲和力增加80倍。贡献在埋带电残基,然而,被自由能微扰计算更好的预测。我们建议使用这两种方法的结合,提高结果的准确性,与自由能微扰计算只用在配体的选择埋残留绑定的口袋里。最后我们提出TPR2A复杂的晶体结构与其non-cognate Hsp70配体,它提供了洞察力在TPR domain-peptide识别特异性的起源。