理论研究激活Ser70酰化机制的头孢菌素抗生素。

文章的细节

引用

复制到剪贴板

柯YY,林TH

理论研究激活Ser70酰化机制的头孢菌素抗生素。

Biophys化学。2005年4月22日,114(2):103 - 13所示。Epub 2004年11月30日。

PubMed ID

15829343 (在PubMed

]

文摘

使用一些分子建模和计算研究量子力学方法可用于确定最有利于激活过程Ser70酰化机制的头孢菌素抗生素三提出的文献中给出。的计算是基于x射线结构B链的地衣芽孢杆菌BS3 beta-lactamase-cefoxitin复杂。催化水的位置参与反应机理之一是使用Grid20定义和InsightII项目,同时截断配体的定义使用InsightII和FirstDiscovery项目。每个反应的几何结构方案优化的高频/ 3-21 G水平的理论,然后每个活性物种的单点能量在每个反应方案计算在HF / 6-31 + G的水平(3 df, 2 p)和B3LYP / 6-31 + G (3 df, 2 p)。溶剂的影响在每个反应计划也是研究通过比较每个反应方案的计算结果在气相或溶液使用高频/ 6-31 + G (3 df, 2 p)水平的理论。计算使用B3LYP / 6-31 + G (3 df, 2 p)水平的理论和极化连续模型(PCM)和把水作为溶剂也进行每个激活过程。发现,积极,最有利于激活过程中Ser70酰化机制是一个质子转移是由催化水和催化残留Glu166 Ser70。这同意那些观察到在一个超高分辨率x射线结构和QM / MM理论研究最近发表在同一酰化过程。

DrugBank数据引用了这篇文章

药物酶

药物	酶	类	生物	药理作用	行动
头孢西丁	Beta-lactamase	蛋白质	地衣芽孢杆菌	未知的	底物	细节