错误的注释的角蛋白衍生肽序列导致误导MS / MS数据解释。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
Nawrot R, Barylski J, Schulze WX
错误的注释的角蛋白衍生肽序列导致误导MS / MS数据解释。
J蛋白质组学。2013年10月8日,91:270-3。doi: 10.1016 / j.jprot.2013.07.009。Epub 2013年7月27日。
- PubMed ID
-
23895828 (在PubMed]
- 文摘
-
在Chelidonium majus蛋白质的nanoLC-nanoESI-MS / MS分析我们发现极其丰富的12 aa肽(序列:TNAENEFVTIKK)。吉祥物对NCBInr数必威国际app据库搜索与Viridiplantae分类限制了其完整的身份未知的蛋白质18 Pseudotsuga menziesii (P85925)。相同的序列也被提交为未知蛋白1 (P86104)葡萄rotundifolia oxygen-evolving增强剂的一部分蛋白质1 (OEE1)松果体strobus (P84718)。经过仔细检查记录P84718原来组成一组未经证实的起源而不是完全蛋白质的肽序列。在本文中,我们目前大量的数据表明肽的问题可能源自II型细胞骨架蛋白质样品中角蛋白——一种常见的污染物。我们发现的实证证据表明,它可以检测到在几种类型的keratin-contaminated样品及其序列是相同的一个proteotypic肽通常观察角蛋白。然而,肽被注释为植物蛋白,从而导致数据的误解。我们建议极端谨慎处理未知的蛋白质序列时18 (p . menziesii)未知蛋白1(诉rotundifolia)和OEE1 (p . strobus)因为它们最好的注释,如果不是artifactual。生物学意义据我们所知,这是第一个报告表明肽TNAENEFVTIKK,这是相同的未知蛋白质18 p menziesii (P85925)未知蛋白1 (P86104)诉rotundifolia oxygen-evolving增强剂的一部分蛋白1 (OEE1) p strobus (P84718),可能源自II型细胞骨架蛋白质样品中角蛋白——一种常见的污染物。我们发现的实证证据表明,它可以检测到在几种类型的keratin-contaminated样品及其序列是相同的一个proteotypic肽通常观察角蛋白。 Nevertheless, the peptide has been annotated as plant protein and thus, without proper quality assessment, leads to biological misinterpretation of proteomic data.