应用线性相互作用能的亲和力计算方法使用连续溶剂模型足叶草毒素类似物与微管蛋白和细胞毒性的预测活动。

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马阿拉姆,奈克PK

应用线性相互作用能的亲和力计算方法使用连续溶剂模型足叶草毒素类似物与微管蛋白和细胞毒性的预测活动。

J摩尔图模型。2009 Jun-Jul; 27 (8): 930 - 43。doi: 10.1016 / j.jmgm.2009.02.003。Epub 2009 2月20。

PubMed ID

19286405 (在PubMed

]

文摘

足叶草毒素及其类似物在治疗癌症的重要的治疗价值,因为它们能够诱导细胞凋亡在肿瘤细胞proliferation-independent方式。这些配体与秋水仙碱结合位点附近的微管蛋白α-和beta-tubulin界面和干扰微管蛋白聚合。podophyllotoxin-based微管蛋白抑制剂的结合自由能计算使用线性相互作用能(谎言)方法(SGB)出生的一个表面广义连续溶解模型。训练集76足叶草毒素类似物被用来建立一个绑定关联模型估计的自由能绑定了36抑制剂(测试集)和不同结构的修改。平均均方根误差(RMSE)之间的结合自由能的实验值与预测值为0.56千卡/摩尔的水平相比较,精度达到最准确的方法,如自由能微扰(聚全氟乙丙烯)或热力学(TI)的集成。之间的相关系数平方实验和SGB-LIE估计自由能的测试集化合物也显著(R (2) = 0.733)。结合能的分析的基础上,我们提出的三维构象A, B, C和D环与微管蛋白是重要的交互。这一观点的基础上,12个类似物不同的环被修改,测试与谎言的方法,然后用他们的实验验证抑制微管蛋白聚合的效能。低水平的RMSE对于大多数的抑制剂建立基于结构的方法作为一种有效的工具来生成更有效的和特定的微管蛋白抑制剂测试合理设计基于足叶草毒素铅化合物衍生化。

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药物	目标	类	生物	药理作用	行动
Podofilox	微管蛋白alpha-4A链	蛋白质	人类	是的	抑制剂	细节