胃H、K atp酶的离子途径及抑制剂结合位点分析。

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孟森K, Law RJ, Sachs G

胃H、K atp酶的离子途径及抑制剂结合位点分析。

生物化学。2007年5月8日;46(18):5398-417。doi: 10.1021 / bi062305h。Epub 2007 4月11日。

PubMed ID

17425287 (PubMed视图

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摘要

胃H,K atp酶在E1K和E2P状态下的新模型作为K+反转运p2型atp酶的第一个结构，显示离子进入和退出路径。同源性建模首先用于从srCa ATPase E2P形式(PDB代码1wpg)生成包含结合MgADP的起始构象。与srCa atp酶相比，该模型的能量最小化显示了一个保守的腺苷位点，但非保守的多磷酸接触。然后利用分子动力学扩展腔内入口，使刚性K+竞争性naphthyridine抑制剂Byk99能够进入膜结构域内的结合位点。新的E2P模型增加了跨膜段M3到M8之间的分离，在这个空间中加入水不仅表明抑制剂进入管腔前庭的途径，而且表明了通往离子结合位点的通道。通过离子运动的分子动力学建模，将K+添加到水合通道中，确定了K+从管腔到离子结合位点产生E2K的途径。在srCa atp酶(PDB代码1su4)的E12Ca2+形式的E1K同源模型的基础上，还提出了在正常催化循环中运行的细胞质的K+出口路径。新的E2P模型的Autodock分析现在可以正确区分高亲和力和低亲和力的K+竞争性抑制剂。最后，E2P模型扩大的管腔前庭解释了H,K atp酶突变体中高亲和力的瓦巴因结合[Qiu et al. (2005) J. Biol。化学通报，2002,26(3):349-32355。

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药物靶点

药物	目标	种类	生物	药理作用	行动
奥美拉唑	钾转运atp酶α链1	蛋白质	人类	是的	抑制剂	细节