结构对GABAA受体结合位点的研究:实验结构告诉我们什么?

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Puthenkalam R, Hieckel M,西蒙尼X, Suwattanasophon C, Feldbauer房车,艾克尔GF,恩斯特M

结构对GABAA受体结合位点的研究:实验结构告诉我们什么?

前摩尔> 2016年6月16日,9:44。doi: 10.3389 / fnmol.2016.00044。eCollection 2016。

PubMed ID

27378845 (在PubMed

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文摘

原子分辨率cys-loop受体的结构,其中包括一种γ-氨基丁酸受体亚型(GABAA受体),允许惊人的见解的结构特性和构象变化,这些pentameric ligand-gated离子通道(pLGICs)显示。这里我们提出一个综合分析超过30 cys-loop受体结构的同源蛋白质,发现几个变构GABAA受体结合位点不是先前描述的。这些小说在对GABAA受体结合位点进行同源模型和变构配体作为假定的候选人评估网站。四到目前为止从没被公认的配体结合位点的后续研究提出了基于他们的存在对GABAA受体同源模型。守恒的结构特点的综合分析对GABAA和甘氨酸受体(GlyRs),谷氨酸的离子通道,细菌同源染色体欧文氏菌chrysanthemi (ELIC)和Gloeobacter violaceus GLIC,和5 -羟色胺3型(5-HT3)受体。守恒的功能被集成到一个主对齐导致改善同源模型。大片段的胞内域存在于5-HT3受体的结构是利用生成GABAA受体模型与相应的胞内域片段。GABAA受体突变与光亲和配体研究的结果分析的模型结构。这导致候选人配体的分配提出了新颖的口袋,两个候选人结合位点的呋喃苯胺酸和neurosteroids转移膜域被确定。同源模型可以作为假设发电机,和一些以前可以解决有争议的生化结构解释数据的呈现multi-template比较建模方法。 Crystal and cryo-EM microscopic structures of the closest homologs that were solved in different conformational states provided important insights into structural rearrangements of binding sites during conformational transitions. The impact of structural variation and conformational motion on the shape of the investigated binding sites was analyzed. Rules for best template and alignment choice were obtained and can generally be applied to modeling of cys-loop receptors. Overall, we provide an updated structure based view of ligand binding sites present in GABAA receptors.

DrugBank数据引用了这篇文章

药物

Butalbital