改进的低分辨率晶体结构,以更好地了解红霉素在大核糖体亚基的相互作用。

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华哈,山药工作、Samian先生,Najimudin N

改进的低分辨率晶体结构,以更好地了解红霉素在大核糖体亚基的相互作用。

J Biomol结构动力学。2008年8月,26 (1):131 - 46。

PubMed ID

18533733 (在PubMed

]

文摘

大环内酯类是一组不同的天然和合成抗生素类的macrocyclic-lactone环携带一个或更多的糖与半个各种原子的内酯环。这些大环内酯类选择性地绑定到一个高亲和力的网站原核50年代核糖体亚基,使其高效的对多种致病菌。绑定的理解大环内酯类和核糖体之间提供一个很好的基础在分子水平上阐明它们是如何工作的,这些发现将在理性药物设计是重要的。在这里,我们报告改进重建PDB erythromycin-ribosome结构系统使用分子动力学(MD)模拟。有趣的发现是在细化阶段,可以提高红霉素的绑定的理解(尔)到50 s亚基。结果显示》高度水化和水分子被发现是重要的在桥接氢键在仿真期间绑定的口袋里。尔雅结合核糖体也加强了氢键网络和抗生素之间的疏水相互作用和核糖体。我们还演示了MD模拟与域II》的直接交互,V和C1773 (U1782EC),残留在第四域,尚未被描述在天》绑定的作用。希望这个细化将作为一个起始模型为进一步增强我们的理解的绑定尔核糖体。

DrugBank数据引用了这篇文章

药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
红霉素	23 s核糖体核糖核酸	核苷酸	肠道细菌和其他真细菌	是的	抑制剂	细节