使用支持向量机和分子动力学模拟鉴定人血清白蛋白中葡萄糖结合袋。
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Ranganarayanan P, Thanigesan N, Ananth V, Jayaraman VK, Ramakrishnan V
使用支持向量机和分子动力学模拟鉴定人血清白蛋白中葡萄糖结合袋。
计算机学报。2016年1月- 2月;13(1):148-57。doi: 10.1109 / TCBB.2015.2415806。
- PubMed ID
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26886739 (PubMed视图］
- 摘要
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人血清白蛋白(HSA)已被建议作为现有的血红蛋白-糖化血红蛋白(HbA1c)标记物的替代生物标志物用于血糖监测。开发和使用HSA作为替代生物标志物需要识别糖基化位点，或等效地，葡萄糖结合袋。在这项工作中，我们结合了HSA的分子动力学模拟和最先进的机器学习方法支持向量机(SVM)来预测HSA中的葡萄糖结合袋。支持向量机利用原子的三维排列及其化学性质来预测口袋的葡萄糖结合能力。特征选择表明，从口袋质心开始的第一个4A内的原子排列及其化学性质在葡萄糖的结合中起着重要作用。10倍交叉验证精度为84%，我们的SVM模型揭示了HSA中7个新的潜在葡萄糖结合位点，其中2个仅在HSA动态过程中暴露。通过对接研究进一步证实了预测结果。这些发现可以补充针对开发HSA作为血糖监测的替代生物标志物的研究。