绑定交互麦角胺和双氢麦角胺5 -羟色胺受体1 b (5-HT1b)使用分子动力学模拟和动态网络分析。

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沙利文HJ, Tursi,摩尔K,坎贝尔,吴弗洛伊德C, C

绑定交互麦角胺和双氢麦角胺5 -羟色胺受体1 b (5-HT1b)使用分子动力学模拟和动态网络分析。

J化学正模型。2020年3月23日,60 (3):1749 - 1765。doi: 10.1021 / acs.jcim.9b01082。Epub 2020 3月2。

PubMed ID

32078320 (在PubMed

]

文摘

麦角胺(ERG)和双氢麦角胺(她),常见的偏头痛药物,有小但结构差异导致临床药理档案重要区别。例如,她不如ERG的约10倍的5-hydroxytrptamine受体1 b (5-HT1B)。虽然高分辨率的晶体结构5-HT1B受体与配体的解决,高这两个复杂的结构之间的相似性并不能充分解释他们的活动差异和受体的激活机制。因此,考试的这两种药物与受体的动态运动是必需的。在这项研究中,我们共6.0亩分子动力学模拟在每个系统上。我们的模拟数据显示两个系统之间的微妙的变化中的交互和受体的二级结构。更重要的是,配体和蛋白质均方根波动(RMSFs)两个系统是截然不同的,与ERG RMSF值降低的趋势,说明它是绑紧,5-HT1B波动较小。分子mechanism-general出生的表面积(MM-GBSA)结合能进一步说明这个,证明ERG整体强MM-GBSA结合能。分析几种不同的微型开关表明5-HT1B-ERG复杂比5-HT1B-DHE构象更加活跃状态,这是进一步支持的动态网络模型,参照诱变数据和关键节点和前三个低能耗模式从正常模式分析。我们还确定Trp327(6.48)和Phe331(6.52)作为关键残基参与的活动状态5-HT1B配体。 Using the detailed dynamic information from our analysis, we made predictions for possible modifications to DHE and ERG that yielded five derivatives that might have more favorable binding energies and reduced structural fluctuations.

DrugBank数据引用了这篇文章

药物

双氢麦角胺

药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
双氢麦角胺	5 -羟色胺受体1 b	蛋白质	人类	是的	受体激动剂	细节