Reference-facilitated phosphoproteomics:快速和可靠的此处则验证通过microLC-ESI-Q-TOF MS / MS。
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Imanishi SY, Kochin V,法拉利,de Thonel, Pallari嗯,Corthals GL,埃里克森我
Reference-facilitated phosphoproteomics:快速和可靠的此处则验证通过microLC-ESI-Q-TOF MS / MS。
摩尔细胞蛋白质组学。2007年8月,6 (8):1380 - 91。doi: 10.1074 / mcp.M600480-MCP200。2007年5月17日Epub。
- PubMed ID
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17510049 (在PubMed]
- 文摘
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最近的仪器控制和浓缩过程的进步使我们能够量化大量磷蛋白质和记录特定站点磷酸化事件。一个有趣的问题出现了,这些进步是准确地验证磷酸化事件发生时,如果可能的话,在一个自动化的方式。问题是困难的,因为MS / MS谱此处则通常是更复杂的比未改性的肽。大规模研究,问题更为明显,因为磷酸化网站是基于单一肽识别在至少两个多肽与蛋白质识别相同的蛋白质需要识别。为了解决这个问题,我们开发了一个集成的策略,提高了可靠性和易用性,此处则验证。我们已经开发了一个离线二氧化钛(TiO(2)选择性此处则浓缩过程对原油细胞溶解产物。浓缩后,此处则分离样品的一半开始脱去磷酸,之后两个样本都受到质/女士。从MS / MS分析结果,脱去磷酸肽作为参考谱对原始此处则谱,实际上生成两个肽谱相同的氨基酸序列,从而提高正确识别的概率。集成过程总结如下:1)浓缩为此处则TiO(2)色谱法,2)去磷酸化的一半的样本,3)质/ MS-based此处则分析和相应的脱去磷酸肽,4)肽洗脱概要文件之前和之后的对比确定磷酸化脱磷酸化,和5)前后比较MS / MS谱验证此处则及其磷酸化脱磷酸化的网站。这此处则识别标志着一个重大的进步,相比之下,识别仅基于单一MS / MS谱和概率数据库的搜索。必威国际app We investigated an applicability of this method to crude cell lysates and demonstrate its application on the large scale analysis of phosphorylation sites in differentiating mouse myoblast cells.