转录分析特发性肺动脉高压的肺细胞群。
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Saygin D, Tabib T Bittar这HET Valenzi E, Sembrat J,陈SY,罗哈斯M, Lafyatis R
转录分析特发性肺动脉高压的肺细胞群。
Pulm保监会。2020年2月28日,10 (1):? ? ?。doi: 10.1177 / 2045894020908782。eCollection 2020 Jan-Mar。
- PubMed ID
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32166015 (在PubMed]
- 文摘
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尽管最近特发性肺动脉高血压管理的改善,死亡率仍然很高。理解变化的transcriptome-phenotype关键肺细胞可以提供洞察发病机理的司机。在这项研究中,我们研究了微分细胞类型的基因表达与特发性肺动脉高压的肺移植组织的特发性肺动脉高血压患者相比,控制肺部。组织消化后,我们分析了所有细胞从三个特发性肺动脉高血压和六个控制使用droplet-based单细胞RNA-sequencing肺。降维后t-stochastic邻居嵌入,我们比较内皮细胞的转录组,外膜细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞集群,基因差异表达研究和路径分析涉及的基因本体浓缩。我们发现,内皮细胞和周皮细胞/平滑肌细胞差异表达基因最多概要文件与其他细胞类型。前不同调节内皮细胞的基因包括新颖的基因:ROBO4, APCDD1, NDST1, MMRN2,新的高度和DOCK6,以及之前报道基因:英格,ORAI2, TFDP1, KDR, AMOTL2, PDGFB, FGFR1、EDN1, NOTCH1。一些转录因子也发现在特发性肺动脉高血压内皮细胞调节包括SOX18 STRA13, LYL1,麋鹿,角色在调节内皮细胞表型。特别是SOX18是通过生物信息学分析在调节与特发性肺动脉高血压内皮细胞转录组。此外,特发性肺动脉高血压内皮细胞调节的表达FAM60A HDAC7,潜在影响表观遗传特发性肺动脉高血压内皮细胞的变化。 Pericyte/smooth muscle cells expressed genes implicated in regulation of cellular apoptosis and extracellular matrix organization, and several ligands for genes showing increased expression in endothelial cells. In conclusion, our study represents the first detailed look at the transcriptomic landscape across idiopathic pulmonary arterial hypertension lung cells and provides robust insight into alterations that occur in vivo in idiopathic pulmonary arterial hypertension lungs.
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