预测结构多样化竞争性CYP2C9抑制剂的构象和序列独立模型。

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Afzelius L, Zamora I, Masimirembwa CM, Karlen A, Andersson TB, Mecucci S, Baroni M, Cruciani G

预测结构多样化竞争性CYP2C9抑制剂的构象和序列独立模型。

中华医学杂志，2004,12;47(4):907-14。

PubMed ID

14761192 (PubMed视图

］

摘要

基于GRID中计算的柔性分子相互作用场和随后使用ALMOND中衍生的与排列无关的描述符对这些场的描述，推导了一个与构象和排列无关的三维构效关系(3D-QSAR)模型。该训练集由22种不同且灵活的药物代谢酶CYP2C9竞争性抑制剂组成，生成r(2)为0.81,q(2)为0.62的模型。模型的预测能力通过12个竞争性抑制剂的测试集进行外部评估，其中11个在0.5 log单位内预测。模型中最相关的相互作用点与CYP2C9同源模型活性位点中参与CYP2C9-底物/抑制剂结合的氨基酸有很好的相关性，进一步验证了我们模型的机制意义。这种方法提供了推导预测3D-QSAR模型的可能性，而不需要化学多样性配体的对准规则，也不需要靶蛋白晶体结构信息。

引用这篇文章的药物银行数据

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
双香豆素	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	1900	N/A	N/A	细节
氟伏沙明	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	8500	N/A	N/A	细节
咪康唑	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	6000	N/A	N/A	细节
奥美拉唑	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	45000	N/A	N/A	细节
苯基丁氮酮	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	19000	N/A	N/A	细节
苯妥英	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	6000	N/A	N/A	细节
孕酮	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	5500	N/A	N/A	细节
雷	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	36000	N/A	N/A	细节
Sulfaphenazole	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	500	N/A	N/A	细节
华法令阻凝剂	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	20000	N/A	N/A	细节
扎鲁司	细胞色素P450 2C9	Ki (nM)	2500	N/A	N/A	细节