表征HERG钾通道抑制使用CoMSiA三维构象和同源性建模方法。

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Vaz RJ Pearlstein RA,康J,陈XL Preobrazhenskaya M, Shchekotikhin AE,科洛夫,Lysenkova LN, Miroshnikova OV,亨德里克斯J, Rampe D

表征HERG钾通道抑制使用CoMSiA三维构象和同源性建模方法。

地中海Bioorg化学。2003年5月19日,13 (10):1829 - 35。

PubMed ID

12729675 (在PubMed

]

文摘

22 sertindole类似物组成的一个数据集和十个结构不同的抑制剂,跨越广泛的效力,使用CoMSiA进行了分析。HERG的同源模型构建的晶体结构MthK钾通道开放。我们CoMSiA互补关系和同源模型时明显长抑制剂面向轴是平行于纵轴的毛孔,尾巴地区朝向选择性滤波器。药效基因的关键元素,CoMSiA和同源模型有:(1)疏水特性优化包含一个芳基,能够从事pi-stacking Phe656侧链。可选地,第二个芳香或疏水集团目前在某些抑制剂可能接触额外Phe656侧链。(2)基本氮似乎经历一个与Tyr652 pi-cation交互。(3)孔隙直径(12 +),和深度的选择性循环相对于细胞内开放,作为限制conformation-dependent抑制剂维度。

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
Cisapride	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	45	N /一个	N /一个	细节
Dofetilide	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	10	N /一个	N /一个	细节
号使用	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	18	N /一个	N /一个	细节
Sertindole	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	3	N /一个	N /一个	细节
Terfenadine	电压门控钾通道亚科2 H成员	集成电路50 (nM)	56	N /一个	N /一个	细节