分子配体结合模式的决定因素在H组胺受体(4):连接ligand-based三维定量构效关系(3 d-qsar)模型在计算机引导受体突变研究。
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Lim HD Istyastono EP, Nijmeijer年代,van de施,Roumen L, Kooistra AJ, Vischer高频,每IJ,他们R,格拉夫C
分子配体结合模式的决定因素在H组胺受体(4):连接ligand-based三维定量构效关系(3 d-qsar)模型在计算机引导受体突变研究。
J地中海化学。2011年12月8日,54 (23):8136 - 47。doi: 10.1021 / jm201042n。Epub 2011年11月7日。
- PubMed ID
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22003888 (在PubMed]
- 文摘
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组胺H(4)受体(H (4) R)是一个G protein-coupled受体(GPCR)炎症中起着重要的作用。类似于H(3)同源组胺受体(H (3) R),两个酸性残留在H (4) R绑定口袋,D(3.32)和E(5.46),作为重要的氢键受体也积极得氢键捐助者在H (4) R配体。考虑到这些互补对称分布的H (4) R药效团特征及其配体,配体绑定模式假设提出了不同的选择。当前的研究侧重于说明分子的决定因素的H (4) R-ligand绑定模式结合(3 d)定量结构活性关系(构象),蛋白质同源建模、分子动力学模拟,和定点诱变研究。我们设计并合成了一系列clobenpropit (N - (4-chlorobenzyl) - s -[3 -(4(5)咪唑基)丙基]isothiourea)衍生品研究H (4) R-ligand交互和配体结合方向。有趣的是,我们的研究表明,clobenpropit(2)本身可以绑定到H (4) R在两个截然不同的绑定模式,而添加环己基集团clobenpropit isothiourea一部分允许VUF5228(5)采用只有一个特定的绑定模式在H (4) R绑定的口袋里。ligand-steered,实验支持蛋白质建模方法提供了新的见解配体识别由H (4) R和可以作为一般方法阐明protein-ligand复合体的结构。