定量构效关系/进步对接:混合对接加速计算机高通量筛选方法。

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李Cherkasov,禁止F, Y, Fallahi M,哈蒙德GL

定量构效关系/进步对接:混合对接加速计算机高通量筛选方法。

J地中海化学。2006年12月14日,49 (25):7466 - 78。

PubMed ID

17149875 (在PubMed

]

文摘

protein-ligand对接和ligand-based构象的方法阐述,旨在加速虚拟筛选的过程。特别是,这种方法利用对接分数为已经处理过的化合物生成构建定量构效关系模型,预测,进而评估假想目标绑定相似但出坞条目。“进步对接”一直在测试药物如物质的NCI数据库对接成几个不相关的目标,包括人类性激素结合球蛋白(SHBG)、碳酸酐酶,corticosteroid-binding球蛋白,非典3 c蛋白酶,HIV1逆转录酶。我们证明了进步的对接可以减少计算量的1.2 - 2.6倍(相比传统对接),同时保持80 - 99%的回收率。这个progressive-docking过程,因此,大大加速了高通量筛选,特别是当使用高精度(慢)对接方法和大型数据集,并允许我们确定几个小说SHBG强效非甾体类配体。

DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
雌二醇	性hormone-binding球蛋白	集成电路50 (nM)	50	N /一个	N /一个	细节
睾酮	性hormone-binding球蛋白	集成电路50 (nM)	14	N /一个	N /一个	细节