验证一个自动化过程的预测相对自由能绑定一组醛糖还原酶抑制剂。

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法拉利,Degliesposti G, G Sgobba M,拉斯泰利

验证一个自动化过程的预测相对自由能绑定一组醛糖还原酶抑制剂。

Bioorg医疗化学。2007年12月15日,15日(24):7865 - 77。Epub 2007年8月22日。

PubMed ID

17870536 (在PubMed

]

文摘

可用的自由能预测方法中绑定蛋白的配体,分子力学Poisson-Boltzmann表面积(MM-PBSA)和分子力学广义出生的表面积(MM-GBSA)方法已验证数量相对有限的目标和在训练集化合物。在这里,我们报告一个广泛研究的结果在一系列28日的醛糖还原酶抑制剂实验确定晶体结构和抑制活动,我们评估的能力MM-PBSA和MM-GBSA方法在预测结合自由能使用许多不同的仿真条件。虽然方法被证明是能够预测绝对自由能量定量绑定的协议与实验值,计算和实验自由能绑定都显著相关。比较预测和实验DeltaG绑定,执行比MM-GBSA MM-PBSA证明,和在MM-PBSA方法,执行的琥珀PBSA Delphi。特别是重要的实验和计算自由能之间的关系绑定获得使用琥珀PBSA军事介电函数和结构最小化。重要的是,尽管自由能预测通常由大型平衡结构采样集合在水分子动力学,我们发现一个最小化结构合理的近似,如果绑定的相对自由能计算。这一发现尤其相关,考虑到平衡医学博士合唱团和随后的生成自由能分析多个快照是计算密集型,而一个最小化的生成和分析protein-ligand复杂的结构相对比较快,因此适合高通量虚拟筛选研究。在这个目的,我们开发了一个自动化的工作流集成所需的所有必要步骤生成结构和计算自由能的绑定。过程相对较快,能够自动屏幕和迭代分子中包含数据库和图书馆的化合物。完全,我们的研究结果表明,工作流可以是一个有价值的工具,用于配体识别和优化,能够自动、高效地完善对接构成,有时可能并不准确,排名基于更精确的评分功能的化合物。

DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
(5-CHLORO-2 - {((3-NITROBENZYL)氨基)羰基}苯氧基)乙酸	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	6	N /一个	N /一个	细节
(R) -minalrestat	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	73年	N /一个	N /一个	细节
-fidarestat (S, R)	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	35	N /一个	N /一个	细节
-fidarestat (S, R)	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	570年	N /一个	N /一个	细节
cp - 744809	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	1	N /一个	N /一个	细节
IDD552	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	11	N /一个	N /一个	细节
IDD594	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	30.	N /一个	N /一个	细节
抑制剂Idd 384	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	108年	N /一个	N /一个	细节
Lidorestat	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	5	N /一个	N /一个	细节
Ranirestat	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	15	N /一个	N /一个	细节
Sorbinil	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	2000年	N /一个	N /一个	细节
Zenarestat	醛糖还原酶	集成电路50 (nM)	44	N /一个	N /一个	细节