调查protein-ligand交互与突变FKBP拥有设计特异性的口袋里。

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杨W, Rozamus LW Narula年代,罗林斯CT,元R,安德拉德LJ, Ram可,菲利普斯结核病,van Schravendijk先生,Dalgarno D, Clackson T,霍尔特哒

调查protein-ligand交互与突变FKBP拥有设计特异性的口袋里。

J医学杂志。2000年3月23日,43 (6):1135 - 42。

PubMed ID

10737745 (在PubMed

]

文摘

使用基于结构的设计和蛋白质诱变我们改造FKBP12配体结合位点包括相当大,疏水性特异性的口袋里。这个突变体(F36V-FKBP)能够绑定,或者subnanomolar亲和力较低,合成配体取代基具有设计新颖,sterically防止野生型蛋白绑定。使用绑定和撞化合物的结构分析,我们这里显示的口袋是高度promiscuous-capable绑定各种疏水烷基和芳基根类似的亲和力。配体亲和因此似乎很大程度上不敏感程度的入住率和包装质量的口袋里。核磁共振光谱分析表明,配体可以采用完全不同的绑定模式相似,因此复杂的结构活性关系的解释。

DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
{3 - [3 - (3,4-Dimethoxy-Phenyl) 1 - (1 - {1 - [2 - (3、4、5-Trimethoxy-Phenyl)丁酰]-Piperidin-2yl} -Vinyloxy)丙基)苯氧基)乙酸酸	Peptidyl-prolyl顺反异构酶FKBP1A	集成电路50 (nM)	1.8	N /一个	N /一个	细节
{3 - [3 - (3,4-Dimethoxy-Phenyl) 1 - (1 - {1 - [2 - (3、4、5-Trimethoxy-Phenyl)丁酰]-Piperidin-2yl} -Vinyloxy)丙基)苯氧基)乙酸酸	Peptidyl-prolyl顺反异构酶FKBP1A	集成电路50 (nM)	187年	N /一个	N /一个	细节