蛋白激酶的结构分类使用3 d配体结合位点的分子间相互作用场分析:目标家庭的风景。

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瑙曼T H

蛋白激酶的结构分类使用3 d配体结合位点的分子间相互作用场分析:目标家庭的风景。

J地中海化学。2002年6月6日,45 (12):2366 - 78。

PubMed ID

12036347 (在PubMed

]

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蛋白激酶信号通路的关键组件和引发各种生物事件。一些成员的总科很有趣新颖的治疗方法的目标。所有已知的真核蛋白激酶展览守恒的催化核心领域的腺苷5 '三磷酸腺苷(ATP)结合位点,这往往是药物发现项目目标。然而,ATP是常见的激酶和其他蛋白质,具体protein-ligand宝贵的ATP定点配体相互作用是至关重要的先决条件。在目前的研究中,一组26 x射线真核蛋白激酶结构被分为亚科与ATP结合位点的类似protein-ligand交互使用chemometrical方法基于PCA主成分分析(PCA)和共识。这种分类并不依赖于蛋白质序列相似性,作为描述符是来自三维(3 d)结合位点信息只使用网格计算分子间相互作用领域。产生的分类,我们称之为“目标家庭景观”,导致识别常见的绑定模式和特定的交互网站特定激酶亚科。此外,这些结果与实验吻合较好,选择性配置文件的一系列2,6日9-substituted嘌呤CDK抑制剂。在结构方面解释公布有利的替换对选择性CDK抑制剂,从而设计合理的允许特定的配体与最小的副作用。额外3 d-quantitative结构与活性关系(构象)分析一组更大的CDK-directed嘌呤导致识别的基本结构要求亲和力CDK ATP结合位点。 The combined interpretation of 3D-QSAR and the kinase target family landscape provides a consistent view to protein-ligand interactions, which are both favorable for affinity and selectivity in this important subfamily.

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
Olomoucine	增殖蛋白激酶1	集成电路50 (nM)	7000年	N /一个	N /一个	细节
Purvalanol	增殖蛋白激酶3	集成电路50 (nM)	3300年	N /一个	N /一个	细节
Seliciclib	细胞周期蛋白依赖性激酶1	集成电路50 (nM)	700000年	N /一个	N /一个	细节
Seliciclib	增殖蛋白激酶1	集成电路50 (nM)	14000年	N /一个	N /一个	细节
Seliciclib	增殖蛋白激酶3	集成电路50 (nM)	34000年	N /一个	N /一个	细节