小说的结构特点CDK抑制了一个从头开始计算方法与动态模拟相结合。

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兴奋的L, Fernandez-Serra M, Mancera骄傲地指出RL现在联邦区,乔伊斯,Venkitaraman AR, Artacho E, Skylaris CK, Ciacchi LC,佩恩MC

小说的结构特点CDK抑制了一个从头开始计算方法与动态模拟相结合。

J地中海化学。2006年8月24日,49 (17):5141 - 53。

PubMed ID

16913703 (在PubMed

]

文摘

特定抑制剂的合理开发的大约500人类基因组编码蛋白激酶是阻碍一个贫穷的理解结构的小分子的活性和选择性的基础竞争ATP绑定。经典动态模拟结合小说从头开始计算方法linear-scalable分子相互作用涉及成千上万的原子,我们调查了五个不同的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂的绑定CDK2。我们报告,极化和动态氢键的影响,到目前为止未被发现的晶体学,影响他们的活动和选择性。产生特定的溶剂化作用模式的影响水分子ATP结合口袋里或间歇期间形成的氢键的动力学CDK抑制剂相互作用和解释出人意料地高效力的某些抑制剂如3 - (3 h-imidazol-4-ylmethylene) 5-methoxy-1, 3-dihydro-indol-2-one (SU9516)。CDK2 Lys89残留在磷酸腺苷的口袋是观察临时氢键形成的三种最强有力的抑制剂。在到这个渣取代Thr89的短侧链不能形成类似的债券,为CDK2解释的相对选择性抑制剂。我们的研究结果提供了一个普遍适用的计算方法分析生物分子结构和揭示迄今为止还不了解的功能之间的相互作用蛋白激酶抑制剂。

DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
(4 - {(4-AMINO-6) - CYCLOHEXYLMETHOXY 5-nitrosopyrimidin-2-yl]氨基}苯甲酰胺	细胞周期蛋白依赖性激酶2	Ki (nM)	2400年	N /一个	N /一个	细节
6-O-Cyclohexylmethyl鸟嘌呤	细胞周期蛋白依赖性激酶2	Ki (nM)	1200年	N /一个	N /一个	细节