简单、直观的计算自由能protein-ligand复合物的绑定。1。没有明确的限制水模型。

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Cozzini P, Fornabaio M, Marabotti,亚伯拉罕DJ,通用电气、Mozzarelli凯洛格

简单、直观的计算自由能protein-ligand复合物的绑定。1。没有明确的限制水模型。

J地中海化学。2002年6月6日,45 (12):2469 - 83。

PubMed ID

12036355 (在PubMed

]

文摘

预测蛋白质和配体之间的亲和力是最具挑战性的问题之一计算生物化学和药物发现。向左反应贡献绑定时经常用分子力学方法可用,更难以估计的贡献。我们描述和应用相对简单和直观的计算方法估算的结合自由能53 protein-ligand复合体由17个已知的蛋白质三维结构和活性部位不同极性的特征。提示,基于实验的软件模型LogP (o / w)值有机小分子,是用来评估和分数所有atom-atom水疗院蛋白质和配体之间的相互作用。这些总分(H(总)),它已被证明与DeltaG(交互)蛋白质相互作用,与DeltaG(绑定)protein-ligand复合物在当下研究的标准误差+ / - -2.6千卡摩尔从方程(1)DeltaG(绑定)= -0.001 95 H(总)——5.543。一个更复杂的模型,利用分类(通过交互类)提示成绩,产生一个优越的标准误差+ / - -1.8千卡摩尔(1)。结果表明,在相同配体的家庭蛋白质结合位点,可以获得更好的模型与标准错误接近+ -1.0千卡/摩尔(1)。标准化的方法来准备水疗法的晶体模型分析也进行了描述。特别关注的电离状态配体之间的关系和绑定的pH值条件下测量。实验和建模误差来源和潜在的补救措施影响的预测DeltaG(绑定)进行了讨论。

DrugBank数据引用了这篇文章

绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
4-Phenylbutylamine	Trypsin-1	Ki (nM)	20000年	N /一个	N /一个	细节
油酸	脂肪细胞脂肪酸结合蛋白	Kd (nM)	58000年	N /一个	N /一个	细节
棕榈酸	脂肪细胞脂肪酸结合蛋白	Kd (nM)	83000年	N /一个	N /一个	细节