新描述protein-ligand交互使用球形自组织映射。

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长谷川K, Funatsu K

新描述protein-ligand交互使用球形自组织映射。

Bioorg医疗化学。2012年9月15日,20 (18):5410 - 5。doi: 10.1016 / j.bmc.2012.03.041。Epub 2012年3月24日。

PubMed ID

22503362 (在PubMed

]

文摘

在以前的报告中,我们研究了球形自组织映射的映射能力(SSOM)。原来的3 d结构的活性部位beta2 SSOM蛋白质结构是复制的。验证几何转换和生成的分子静电势(MEP)分布、20 beta2配体的分子表面映射到蛋白质SSOM球体。的议员值两个球体的配体和beta2受体蛋白进行了比较。在大多数情况下,涉及的配体,这两个领域有一个温和的负相关。这表明SSOM方法很有可能代表一个复杂的蛋白质表面作为一个简单的球形结构。在这项研究中,我们执行一个定量结构活性关系(构象)基于SSOM caspase-3抑制剂的研究技术。最初,蛋白质结构的活性部位的caspase-3使用议员被SSOM特征值。每个蛋白质抑制剂被投射到SSOM球体和配位化学描述符来自SSOM球体。化学描述符和抑制活性的相关性研究使用支持向量回归(SVR)的方法。 Finally, the important MEP descriptors from the final SVR model were examined. The structural requirements of caspase-3 inhibitors are discussed from the perspectives of both the ligand and protein structures.

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绑定属性

药物	目标	财产	测量	pH值	温度(°C)
(1-METHYL-5) - 2-PHENOXYMETHYL-PYRROLIDINE-1-SULFONYL 1 h-indole-2 3-DIONE	Caspase-3	集成电路50 (nM)	120.23	N /一个	N /一个	细节