用免疫亲和减法、肼化和质谱分析人血浆n -糖蛋白组。

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刘涛，钱文杰，Gritsenko MA, Camp DG 2, Monroe ME, Moore RJ, Smith RD

用免疫亲和减法、肼化和质谱分析人血浆n -糖蛋白组。

蛋白质组学杂志2005 11 - 12;4(6):2070-80。

PubMed ID
16335952 (查看PubMed
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摘要

人类血浆蛋白质组的巨大复杂性、相关蛋白质丰度的广泛动态范围(超过10个数量级)和巨大的异质性(由于翻译后修饰，如糖基化)严重挑战了现有分析方法的能力。在这里，我们描述了一种广泛分析人血浆n -糖蛋白的方法，使用免疫亲和减法和糖蛋白捕获的组合，以减少蛋白质浓度范围和总体样本复杂性。六种高丰度血浆蛋白同时使用预先包装的，固定的抗体柱去除。然后用酰化树脂从耗尽的血浆中捕获n -连接的糖蛋白并进行酶切，用肽- n -糖苷酶F (PNGase F)释放结合的n -连接的糖肽。强阳离子交换(SCX)分选后，用反相毛细管液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)分析去糖基化的肽。采用严格的标准，共确定了2053个不同的n -糖肽，包括303个非冗余n -糖蛋白。这种富集策略显著改善了对许多低丰度蛋白质的检测和鉴定，例如白细胞介素-1受体拮抗剂蛋白(约200 pg/mL)、组织蛋白酶L(约1 ng/mL)和转化生长因子β -1(约2 ng/mL)。共识别了639个n -糖基化位点，并初步证明了利用高分辨率液相色谱-傅里叶变换离子回旋共振质谱(LC-FTICR)进行精确质量测量对这些糖基化位点分配的总体精确性。

引用本文的药库数据

多肽
的名字 UniProt ID
凝血因子xiia链 P00488 细节
凝血因子VIII P00451 细节
血管内皮生长因子受体3 P35916 细节
凝血因子V P12259 细节
凝血酶原 P00734 细节
癌胚抗原相关细胞粘附分子1 P13688 细节
多巴胺beta-hydroxylase P09172 细节
Corticosteroid-binding球蛋白 P08185 细节
血管紧张素转换酶 P12821 细节
Transcobalamin-1 P20061 细节
抗凝血酶iii P01008 细节
转体基因 P02766 细节
依赖维生素k的蛋白质C P04070 细节
整合素alpha-IIb P08514 细节
肥大/干细胞生长因子受体试剂盒 P10721 细节
低密度脂蛋白受体 P01130 细节
Serotransferrin P02787 细节
Thyroxine-binding球蛋白 P05543 细节
纤维蛋白原α链 P02671 细节
结合性激素的球蛋白 P04278 细节
电压依赖性钙通道亚基α -2/ δ -1 P54289 细节
肝素辅助因子2 P05546 细节
巨噬细胞集落刺激因子1受体 P07333 细节
二肽基肽酶4 P27487 细节
补充C5 P01031 细节
溶酶体alpha-glucosidase P10253 细节
Alpha-2-macroglobulin P01023 细节
α -1-酸糖蛋白 P02763 细节
血清对氧磷酶/芳酯酶1 P27169 细节
组织蛋白酶D P07339 细节
维生素k依赖蛋白S P07225 细节
Alpha-1-antitrypsin P01009 细节
组织因子途径抑制剂 P10646 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白3 P17936 细节
Beta-glucuronidase P08236 细节
转化生长因子-1 P01137 细节
膜一级胺氧化酶 Q16853 细节
Kininogen-1 P01042 细节
P03951 细节
基膜特异性硫酸肝素蛋白多糖核心蛋白 P98160 细节
整合素beta 2 P05107 细节
血管紧张肽原 P01019 细节
Vitronectin P04004 细节
髓过氧物酶 P05164 细节
氨肽酶N P15144 细节
中性粒细胞明胶酶相关脂脂素 P80188 细节
细胞间粘附分子1 P05362 细节
CD44抗原 P16070 细节
血管细胞粘附蛋白1 P19320 细节
Alpha-2-antiplasmin P08697 细节
血浆铜蓝蛋白 P00450 细节
整合素β3 P05106 细节
纤连蛋白 P02751 细节
血清淀粉样蛋白p组分 P02743 细节
adp核糖环化酶/环状adp核糖水解酶 Q10588 细节
补C1s子组分 P09871 细节
补体因子B P00751 细节
纤维蛋白原链 P02675 细节
纤维蛋白原链 P02679 细节
补C1r子组分 P00736 细节
补充C1q子组分亚基A P02745 细节
层粘连蛋白亚基β -1 P07942 细节
层粘连蛋白亚基-1 P11047 细节
低密度脂蛋白受体相关蛋白1 Q07954 细节
血浆丝氨酸蛋白酶抑制剂 P05154 细节
唾液糖蛋白受体2 P07307 细节
Neuropilin-1 O14786 细节
成纤维细胞生长因子受体1 P11362 细节
组织蛋白酶L1 P07711 细节
胆碱酯酶 P06276 细节
谷酰基氨基肽酶 Q07075 细节
血浆激肽释放酶 P03952 细节
血浆蛋白酶C1抑制剂 P05155 细节
Beta-2-glycoprotein 1 P02749 细节
Zinc-alpha-2-glycoprotein P25311 细节
整合素β4 P16144 细节
清道夫受体富含半胱氨酸的1型蛋白M130 Q86VB7 细节
瘦素受体 P48357 细节
A4淀粉样蛋白 P05067 细节
Cadherin-5 P33151 细节
羧肽酶B2 Q96IY4 细节
补体C3 P01024 细节
羧肽酶N亚基2 P22792 细节
Alpha-mannosidase 2 Q16706 细节
脯氨酰内肽酶FAP Q12884 细节
胆固醇酯转移蛋白 P11597 细节
单核细胞分化抗原CD14 P08571 细节
血清对氧磷酶/内酯酶3 Q15166 细节
受体型酪氨酸蛋白磷酸酶 Q13332 细节
整合素beta 1 P05556 细节
BDNF/NT-3生长因子受体 Q16620 细节
碳酸酐酶相关蛋白11 O75493 细节
α -1-酸糖蛋白 P19652 细节
Aggrecan核心蛋白 P16112 细节
载脂蛋白米 O95445 细节
脊髓灰质炎病毒受体 P15151 细节
酪氨酸蛋白激酶Mer Q12866 细节
N-acetylmuramoyl-L-alanine酰胺酶 Q96PD5 细节
羧肽酶问 Q9Y646 细节
凝血因子XII P00748 细节
补充C4-A P0C0L4 细节
白细胞介素-1受体拮抗剂蛋白 P18510 细节
转铁蛋白受体蛋白 P02786 细节
载脂蛋白D P05090 细节
硒蛋白P P49908 细节
Afamin P43652 细节
神经细胞粘附分子L1 P32004 细节
巨噬细胞受体MARCO Q9UEW3 细节
Alpha-1B-glycoprotein P04217 细节
Alpha-2-HS-glycoprotein P02765 细节
c4b结合蛋白α链 P04003 细节
补体组分C8链 P07358 细节
补体成分C9 P02748 细节
补体因子H P08603 细节
补体因子I P05156 细节
Clusterin P10909 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白复合体酸性不稳定亚基 P35858 细节
α -胰蛋白酶间抑制剂重链H2 P19823 细节
富亮氨酸alpha-2-glycoprotein P02750 细节
Lumican P51884 细节
Kallistatin P29622 细节
色素上皮衍生因子 P36955 细节
载脂蛋白L1 O14791 细节
c4b结合蛋白β链 P20851 细节
补体组分C8链 P07357 细节
凝血因子XIII B链 P05160 细节
Ficolin-3 O75636 细节
α -胰蛋白酶间抑制剂重链H3 Q06033 细节
α -胰蛋白酶间抑制剂重链H4 Q14624 细节
免疫球蛋白J链 P01591 细节
妊娠带蛋白 P20742 细节
Alpha-1-antichymotrypsin P01011 细节
分解素和金属蛋白酶与血栓反应蛋白基序13 Q76LX8 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b10 P36537 细节
磷脂转移蛋白 P55058 细节
溶血磷脂酸受体4 Q99677 细节
外核苷三磷酸二磷水解酶 O75356 细节
Prostaglandin-H2 D-isomerase P41222 细节
载脂蛋白b - 100 P04114 细节
血液结合素 P02790 细节
富含组氨酸糖蛋白 P04196 细节
结合珠蛋白 P00738 细节
白细胞介素-6受体亚单位β P40189 细节
免疫球蛋白重常量γ 3 P01860 细节
血管生成素相关蛋白3 Q9Y5C1 细节
淋巴管内皮透明质酸受体1 Q9Y5Y7 细节
细胞外超氧化物歧化酶 P08294 细节