人类kinome的大规模蛋白质组学分析。

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Oppermann FS, Gnad F, Olsen JV, Hornberger R, Greff Z, Keri G, Mann M, Daub H

人类kinome的大规模蛋白质组学分析。

Mol Cell Proteomics, 2009 july;8(7):1751-64。doi: 10.1074 / mcp.M800588-MCP200。Epub 2009年4月15日

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19369195 (PubMed视图

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摘要

人蛋白激酶超家族成员是参与真核生物信号转导途径活性控制的主要调节酶。由于蛋白激酶位于基于磷酸化的信号传递的节点上，全面分析其细胞表达和位点特异性磷酸化可以为信号网络的结构和功能提供重要的见解。然而，在全球蛋白质组学研究中，低细胞丰度的蛋白激酶经常导致相当小的肽种被来自其他细胞蛋白的大量过剩肽所阻塞。这些分析的局限性为质谱分析之前蛋白激酶的全基努富集创造了理论基础。本研究采用细胞培养氨基酸稳定同位素标记技术(SILAC)，通过定量质谱分析比较了三种激酶选择性亲和树脂的结合特性。评估的预分割工具含有吡啶[2,3-d]嘧啶基激酶抑制剂作为固定化捕获配体，并保留了相当多的人类kinome子集。基于这些结果，一种显示广泛选择性激酶配体VI16832的亲和树脂被用于量化三种不同的、silac编码的癌细胞系中超过170种蛋白激酶的相对表达。这些实验证明了比较kinome剖面在紧凑的实验格式的可行性。有趣的是，与粘附癌细胞株HCT116和MDA-MB-435S相比，我们在MV4-11白血病细胞中发现了高水平的细胞质和低水平的受体酪氨酸激酶。进一步利用VI16832树脂对激酶进行预分馏，进行靶向磷酸化蛋白组学分析，发现200多个蛋白激酶上约有1200个不同的磷酸化位点。 This hitherto largest survey of site-specific phosphorylation across the kinome significantly expands the basis for functional follow-up studies on protein kinase regulation. In conclusion, the straightforward experimental procedures described here enable different implementations of kinase-selective proteomics with considerable potential for future signal transduction and kinase drug target analysis.

引用本文的药物库数据

多肽

的名字	UniProt ID
酪氨酸蛋白激酶ABL1	P00519	细节
胱氨酸/谷氨酸转运体	Q9UPY5	细节
7-dehydrocholesterol还原酶	Q9UBM7	细节
胰岛素受体	P06213	细节
吡哆醛激酶	O00764	细节
腺嘌呤phosphoribosyltransferase	P07741	细节
受体型酪氨酸蛋白激酶FLT3	P36888	细节
核糖体二氢烟酰胺脱氢酶[醌]	P16083	细节
大的中性氨基酸转运小亚基1	Q01650	细节
5'- amp激活蛋白激酶亚基β -1	Q9Y478	细节
激活素受体1型	Q04771	细节
过氧化物酶体多功能酶2型	P51659	细节
Abelson酪氨酸蛋白激酶2	P42684	细节
肥大/干细胞生长因子受体试剂盒	P10721	细节
乙酰辅酶a羧化酶	Q13085	细节
cAMP和cAMP抑制的cGMP 3'，5'-环磷酸二酯酶10A	Q9Y233	细节
单羧酸转运蛋白1	P53985	细节
5'- amp活化蛋白激酶催化亚基α -1	Q13131	细节
成纤维细胞生长因子受体2	P21802	细节
表皮生长因子受体	P00533	细节
激活CDC42激酶1	Q07912	细节
5'- amp激活蛋白激酶亚基β -2	O43741	细节
原癌基因酪氨酸蛋白激酶	P12931	细节
酪氨酸蛋白激酶	P06241	细节
酪氨酸蛋白激酶	P07947	细节
Ephrin - a型受体2	P29317	细节
酪氨酸蛋白激酶Lck	P06239	细节
巨噬细胞集落刺激因子1受体	P07333	细节
胰岛素样生长因子1受体	P08069	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶	Q02750	细节
蛋白质酪氨酸激酶2- β	Q14289	细节
蛋白激酶C型	P05771	细节
周期蛋白依赖样激酶5	Q00535	细节
肝细胞生长因子受体	P08581	细节
丝裂原活化蛋白激酶1	P28482	细节
磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基α	P27986	细节
脂肪酸合成酶	P49327	细节
胰岛素受体底物1	P35568	细节
Calnexin	P27824	细节
丝裂原活化蛋白激酶14	Q16539	细节
丝裂原活化蛋白激酶3	P27361	细节
糖原合成酶激酶-3	P49841	细节
周期蛋白依赖性激酶2	P24941	细节
周期蛋白依赖性激酶1	P06493	细节
磷脂酰丝氨酸合成酶1	P48651	细节
上皮盘状蛋白结构域受体1	Q08345	细节
核因子κ b激酶亚单位β抑制剂	O14920	细节
胸苷激酶，胞质	P04183	细节
酪氨酸蛋白激酶BTK	Q06187	细节
酪氨酸蛋白激酶	P43405	细节
蛋白激酶C型	Q04759	细节
酪氨酸蛋白激酶	P08631	细节
双特异性蛋白激酶CLK1	P49759	细节
tgf - β受体2型	P37173	细节
周期蛋白依赖性激酶7	P50613	细节
cgmp依赖的3'，5'-环磷酸二酯酶	O00408	细节
角蛋白，II型细胞骨架	P05787	细节
周期蛋白依赖性激酶9	P50750	细节
周期蛋白依赖性激酶6	Q00534	细节
周期蛋白依赖性激酶4	P11802	细节
周期蛋白依赖性激酶8	P49336	细节
多功能蛋白ADE2	P22234	细节
磷脂酰丝氨酸合成酶2	Q9BVG9	细节
磷脂酰肌醇3-激酶调节亚单位β	O00459	细节
dna依赖性蛋白激酶催化亚基	P78527	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶mTOR	P42345	细节
磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基δ亚型	O00329	细节
原癌基因酪氨酸蛋白激酶受体Ret	P07949	细节
蛋白激酶C型	Q05655	细节
Ephrin b型受体4	P54760	细节
前列腺素E合成酶3	Q15185	细节
脱氧胞苷激酶	P27707	细节
局灶粘附激酶1	Q05397	细节
整合素β4	P16144	细节
酪蛋白激酶I亚型γ -2	P78368	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶	O14757	细节
丝裂原活化蛋白激酶11	Q15759	细节
丝裂原活化蛋白激酶13	O15264	细节
极光激酶B	Q96GD4	细节
camp依赖性蛋白激酶ii型α调节亚基	P13861	细节
camp依赖性蛋白激酶i型α调节亚基	P10644	细节
丝裂原活化蛋白激酶1	Q13233	细节
热休克蛋白β -1	P04792	细节
微管相关蛋白4	P27816	细节
酪氨酸蛋白激酶JAK3	P52333	细节
酪蛋白激酶I异构体	P49674	细节
不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸受体	P11717	细节
磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基3型	Q8NEB9	细节
Cyclin-A2	P20248	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PLK1	P53350	细节
camp依赖性蛋白激酶催化亚基α	P17612	细节
丝裂原活化蛋白激酶9	P45984	细节
tgf - β受体1型	P36897	细节
丝裂原活化蛋白激酶8	P45983	细节
双特异性蛋白激酶TTK	P33981	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶II型亚基β	Q13554	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek2	P51955	细节
内着丝粒蛋白	Q9NQS7	细节
60S核糖体蛋白L15	P61313	细节
60S核糖体蛋白L3	P39023	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶/核糖核酸内切酶IRE1	O75460	细节
酪蛋白激酶I亚型-3	Q9Y6M4	细节
酪蛋白激酶II亚基α '	P19784	细节
ste20样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶	Q9H2G2	细节
周期蛋白依赖性激酶	Q00536	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Sgk1	O00141	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶II型亚单位delta	Q13557	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶26	Q9P289	细节
酪氨酸蛋白激酶JAK1	P23458	细节
非受体酪氨酸蛋白激酶TYK2	P29597	细节
Destrin	P60981	细节
Cofilin-1	P23528	细节
酪氨酸蛋白激酶Mer	Q12866	细节
核糖体蛋白S6激酶α -1	Q15418	细节
酪氨酸蛋白激酶Lyn	P07948	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶17B	O94768	细节
RNA聚合酶II转录亚基1的中介物	Q15648	细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶II型亚单位	Q13555	细节
丝裂原活化蛋白激酶9	P80192	细节
Ephrin b型受体2	P29323	细节
过渡内质网atp酶	P55072	细节
谱蛋白链，非红细胞性1	Q01082	细节
核糖体蛋白S6激酶α -4	O75676	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TAO2	Q9UL54	细节
盘状蛋白结构域受体2	Q16832	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶2	P36507	细节
丝裂原活化蛋白激酶2	Q9Y2U5	细节
LIM结构域激酶1	P53667	细节
rala结合蛋白1	Q15311	细节
丝氨酸蛋白激酶ATM	Q13315	细节
核糖体蛋白S6激酶α -3	P51812	细节
膜相关孕酮受体成分1	O00264	细节
5'- amp活化蛋白激酶催化亚基α -2	P54646	细节
5'- amp激活蛋白激酶亚单位-2	Q9UGJ0	细节
钙/钙调素依赖的3'，5'-环核苷酸磷酸二酯酶1C	Q14123	细节
酪蛋白激酶II亚单位β	P67870	细节
酪氨酸蛋白激酶Fgr	P09769	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶MLT	Q9NYL2	细节
异质核核糖核蛋白A2/B1	P22626	细节
异质核核糖核蛋白H3	P31942	细节
肝癌源性生长因子	P51858	细节
磷脂酰肌醇4-激酶2-型	Q8TCG2	细节
Beclin-1	Q14457	细节
异质核核糖核蛋白F	P52597	细节
热休克蛋白105 kDa	Q92598	细节
Desmoplakin	P15924	细节
Hornerin	Q86YZ3	细节
远上游元件结合蛋白2	Q92945	细节
异质核核糖核蛋白D0	Q14103	细节
Nucleophosmin	P06748	细节
60S核糖体蛋白L14	P50914	细节
40S核糖体蛋白S17	P08708	细节
生存运动神经元蛋白	B4DP61	细节
Myosin-9	P35579	细节
骨形态发生蛋白受体2型	Q13873	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶24	Q9Y6E0	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶3	Q13188	细节
酪氨酸蛋白激酶Tec	P42680	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TAO1	Q7L7X3	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TAO3	Q9H2K8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TBK1	Q9UHD2	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q9UKI8	细节
2 .丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶	Q86UE8	细节
TRAF2和nck相互作用蛋白激酶	Q9UKE5	细节
非受体酪氨酸蛋白激酶TNK1	Q13470	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ULK1	O75385	细节
ap2相关蛋白激酶1	Q2M2I8	细节
bmp -2诱导蛋白激酶	Q9NSY1	细节
双特异性蛋白激酶CLK2	P49760	细节
双特异性蛋白激酶CLK4	Q9HAZ1	细节
酪蛋白激酶I亚型	P48729	细节
eif -2-激酶GCN2	Q9P2K8	细节
Ephrin - a型受体1	P21709	细节
Ephrin - a型受体4	P54764	细节
酪氨酸蛋白激酶	P16591	细节
酪氨酸蛋白激酶Fes/Fps	P07332	细节
Cyclin-G-associated激酶	O14976	细节
糖原合成酶激酶3	P49840	细节
同源结构域相互作用蛋白激酶2	Q9H2X6	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ICK	Q9UPZ9	细节
核因子κ b激酶亚单位ε的抑制剂	Q14164	细节
白介素1受体相关激酶3	Q9Y616	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SIK3	Q9Y2K2	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶LATS1	O95835	细节
LIM结构域激酶2	P53671	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶5	Q13163	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶10	Q02779	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶11	Q16584	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶12	Q12852	细节
丝裂原活化蛋白激酶15	Q6ZN16	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶3	Q99759	细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶4	Q9Y6R4	细节
丝裂原活化蛋白激酶6	O95382	细节
丝裂原活化蛋白激酶1	Q92918	细节
丝裂原活化蛋白激酶2	Q12851	细节
丝裂原活化蛋白激酶3	Q8IVH8	细节
丝裂原活化蛋白激酶4	O95819	细节
丝裂原活化蛋白激酶15	Q8TD08	细节
丝裂原活化蛋白激酶7	Q13164	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK1	Q9P0L2	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK2	Q7KZI7	细节
MAP/微管亲和调节激酶	P27448	细节
MAP/微管亲和调节激酶	Q96L34	细节
巨核细胞相关酪氨酸蛋白激酶	P42679	细节
母体胚胎亮氨酸拉链激酶	Q14680	细节
畸形激酶1	Q8N4C8	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek1	Q96PY6	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek3	P51956	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek9	Q8TD19	细节
NUAK家族snf1样激酶1	O60285	细节
NUAK家族snf1样激酶2	Q9H093	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 4	O96013	细节
周期蛋白依赖性激酶17	Q00537	细节
磷脂酰肌醇5-磷酸4-激酶2型β	P78356	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N2	Q16513	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PLK4	O00444	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶D1	Q15139	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO2	Q9BVS4	细节
受体相互作用丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶2	O43353	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SIK2	Q9H0K1	细节
丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶10	O94804	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶17A	Q9UEE5	细节
丝裂原活化蛋白激酶6	Q16659	细节
细胞色素b还原酶1	Q53TN4	细节
atp柠檬酸合酶	P53396	细节
受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3	P21860	细节
受体蛋白酪氨酸激酶	Q504U8	细节
赖氨酸特异性组蛋白去甲基酶1A	O60341	细节
增殖标志蛋白Ki-67	P46013	细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶4	P45985	细节