高度准确的大肠杆菌基因组序列的k - 12株MG1655 W3110。

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Hayashi K, Morooka N,山本Y, Fujita K, Isono K,崔年代,大坪E,巴巴T,万纳提单,Mori H, Horiuchi T

高度准确的大肠杆菌基因组序列的k - 12株MG1655 W3110。

摩尔系统杂志。2006;2:2006.0007。Epub 2006年2月21日。

PubMed ID

16738553 (在PubMed

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文摘

目标解决大肠杆菌的全细胞问题的k - 12模型细胞,高度准确的基因组测定两个密切相关的k - 12株,MG1655 W3110。完成与MG1655 W3110基因组和比较基因组显示差异在267网站,其中包括251网站较短,主要是单核苷酸插入或删除(indels)或基替换(总计358个核苷酸),除了13的插入序列元素或有缺陷的前噬菌体的网站只有一个应变和W3110反演的两个网站。直接DNA测序PCR产品的251个地区和短indel基础差异显示只有8个网站是真实的差异。其他243个差异是由于错误的原始MG1655序列,包括79年的转移,一个氨基酸残基的删除,5个氨基酸残基序列,73错义,17沉默编码区域内变化。错误在原始MG1655序列(每13000个碱基< 1)大多是在基于放射性化学测序部分过时的技术。

DrugBank数据引用了这篇文章

多肽

的名字	UniProt ID
30年代核糖体蛋白S4	P0A7V8	细节
苹果酸脱氢酶	P61889	细节
D-lactate脱氢酶	P06149	细节
进化苷酶亚基α	P06864	细节
双功能蛋白FolC	P08192	细节
30年代核糖体蛋白S9	P0A7X3	细节
30年代S10核糖体蛋白质	P0A7R5	细节
DNA-directed RNA聚合酶β亚基	P0A8V2	细节
30年代S12核糖体蛋白质	P0A7S3	细节
谷胱甘肽还原酶	P06715	细节
DNA-directed RNA聚合酶α亚基	P0A7Z4	细节
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase	P0A749	细节
Penicillin-binding蛋白质1 b	P02919	细节
DNA聚合酶我	P00582	细节
延胡索酸盐还原酶黄素蛋白亚基	P00363	细节
3-oxoacyl -酰基载体蛋白质合酶3	P0A6R0	细节
Penicillin-binding蛋白1	P02918	细节
Aminodeoxychorismate合成酶组件1	P05041	细节
Oxygen-insensitive NADPH硝基还原酶	P17117	细节
D-alanine——D-alanine连接酶	P0A6J8	细节
D-alanyl-D-alanine羧肽酶DacB	P24228	细节
丙酮酸脱氢酶(辅酶q)	P07003	细节
DNA拓扑异构酶4单元	P0AFI2	细节
DNA促旋酶B亚基	P0AES6	细节
3-oxoacyl -酰基载体蛋白质合成酶2	P0AAI5	细节
3-oxoacyl -酰基载体蛋白质合成酶1	P0A953	细节
Dihydropteroate合酶	P0AC13	细节
柠檬酸裂解酶(pro-3S)连接酶	P77390	细节
苹果酸合成酶G	P37330	细节
天冬氨酸转氨酶	P00509	细节
伯胺氧化酶	P46883	细节
尿苷磷酸化酶	P12758	细节
ATP phosphoribosyltransferase	P60757	细节
Dephospho-CoA激酶	P0A6I9	细节
腺苷酸激酶	P69441	细节
异柠檬酸脱氢酶(辅酶ii)	P08200	细节
3-keto-L-gulonate-6-phosphate脱羧酶UlaD	P39304	细节
UDP-N-acetylmuramoylalanine——D-glutamate连接酶	P14900	细节
2-methylisocitrate裂合酶	P77541	细节
ATP-dependent dethiobiotin合成酶BioD 1	P13000	细节
2,3-diketo-L-gulonate还原酶	P37672	细节
泛酸酯激酶	P0A6I3	细节
ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase	P67910	细节
信号肽酶我	P00803	细节
Ferrichrome-iron受体	P06971	细节
Putrescine-binding周质蛋白	P31133	细节
NH(3)端依赖NAD(+)合成酶	P18843	细节
α,alpha-trehalose-phosphate合成酶(UDP-forming)	P31677	细节
氨通道	P69681	细节
L-asparaginase 2	P00805	细节
Beta-lactamase	P00811	细节
脱氧尿苷5 '三磷酸nucleotidohydrolase	P06968	细节
假定的hydroxypyruvate异构酶YgbM	Q46891	细节
铁(3 +)FhuD -hydroxamate-binding蛋白质	P07822	细节
3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase	P0A6D3	细节
Alpha-ketoglutarate-dependent牛磺酸加双氧酶	P37610	细节
Histidinol-phosphate转氨酶	P06986	细节
半乳糖苷O-acetyltransferase	P07464	细节
Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase	Q46822	细节
Galactose-1-phosphate uridylyltransferase	P09148	细节
苷酶	P00722	细节
谷氨酰胺,fructose-6-phosphate转氨酶(异构化)	P17169	细节
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase	P27828	细节
抗热的gluconokinase	P46859	细节
Thymidylate合酶	P0A884	细节
Adenylosuccinate合成酶	P0A7D4	细节
甲酸脱氢酶H	P07658	细节
2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase	P26281	细节
Dihydroorotase	P05020	细节
(UDP-N-acetylglucosamine——N-acetylmuramyl) -五肽pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine转移酶	P17443	细节
吡哆胺激酶	P77150	细节
维生素B12运输车BtuB	P06129	细节
肽deformylase	P0A6K3	细节
Phosphoribosylglycinamide formyltransferase	P08179	细节
维生素B12-binding蛋白质	P37028	细节
三磷酸脱氧胞苷脱氨酶	P28248	细节
Chorismate pyruvate-lyase	P26602	细节
4-aminobutyrate转氨酶GabT	P22256	细节
半胱氨酸desulfurase	P77444	细节
通过二磷酸合酶	P22939	细节
Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate转氨酶	P12995	细节
8-oxo-dGTP diphosphatase	P08337	细节
Dihydroorotate脱氢酶(醌)	P0A7E1	细节
蛋氨酸,tRNA连接酶	P00959	细节
UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate——2, 6-diaminopimelate连接酶	P22188	细节
5 '磷酸吡哆醇合成酶	P0A794	细节
乙醇脱氢酶YqhD	Q46856	细节
Phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2	P33221	细节
嘌呤核苷磷酸化酶2	P45563	细节
色氨酸生物合成蛋白质TrpCF	P00909	细节
DNA错配修复蛋白MutL	P23367	细节
外膜蛋白F	P02931	细节
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase	P45568	细节
膜结合裂解胞壁质transglycosylase B	P41052	细节
4-hydroxythreonine-4-phosphate脱氢酶	P19624	细节
Gamma-aminobutyraldehyde脱氢酶	P77674	细节
Acetylglutamate激酶	P0A6C8	细节
ATP-dependent DNA解旋酶RecQ	P15043	细节
Methylmalonyl-CoA脱羧酶	P52045	细节
蛋白质YceI	P0A8X2	细节
胞嘧啶核苷酸激酶	P0A6I0	细节
Allantoate酰胺水解酶	P77425	细节
甘油激酶	P0A6F3	细节
长链脂肪酸运输蛋白质	P10384	细节
蛋氨酸合成酶	P13009	细节
Oxygen-insensitive NAD (P) H硝基还原酶	P38489	细节
Glucosamine-6-phosphate脱氨酶	P0A759	细节
Pimeloyl -酰基载体蛋白甲基酯酯酶	P13001	细节
Tautomerase项目前期技术援助	P31992	细节
Xaa-Pro氨基肽酶	P15034	细节
DNA-3-methyladenine糖基化酶1	P05100	细节
HTH-type转录监管机构麦芽	P06993	细节
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase	Q46893	细节
糖磷酸酶YbiV	P75792	细节
D-allose-binding周质蛋白	P39265	细节
左卡尼汀CoA-transferase	P31572	细节
Orotidine 5 '磷酸脱羧酶	P08244	细节
L-arabinose-binding周质蛋白	P02924	细节
钼辅因子guanylyltransferase	P32173	细节
麦芽糊精磷酸化酶	P00490	细节
Glucose-1-phosphatase	P19926	细节
UDP-galactopyranose变位酶	P37747	细节
生物素合成酶	P12996	细节
谷氨酸,半胱氨酸连接酶	P0A6W9	细节
甲酸乙酰转移酶1	P09373	细节
3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase	P31057	细节
Histidinol脱氢酶	P06988	细节
Argininosuccinate合酶	P0A6E4	细节
GDP-mannose mannosyl水解酶	P32056	细节
胆色素原脱氨酶	P06983	细节
双功能蛋白的贱人	P09546	细节
双官能ArnA多粘菌素抵抗蛋白质	P77398	细节
8-amino-7-oxononanoate合酶	P12998	细节
组氨酸,tRNA连接酶	P60906	细节
Deoxyribose-phosphate醛缩酶	P0A6L0	细节
Isoaspartyl二肽酶	P39377	细节
N, N ' -diacetylchitobiose-specific磷酸转移酶酶IIB组件	P69795	细节
耐多药外排泵单元AcrB	P31224	细节
磷酸烯醇丙酮酸羧化酶	P00864	细节
Diaminopimelate脱羧酶	P00861	细节
胞嘧啶脱氨酶	P25524	细节
FecA Fe (3 +) dicitrate运输蛋白质	P13036	细节
HTH-type转录监管机构tr	P36673	细节
N-succinylarginine dihydrolase	P76216	细节
鸟氨酸carbamoyltransferase链我	P04391	细节
Rhamnulose-1-phosphate醛缩酶	P32169	细节
L-rhamnose异构酶	P32170	细节
碱性磷酸酶	P00634	细节
亚硫酸盐还原酶(NADPH) hemoprotein beta-component	P17846	细节
UDP-glucose 4-epimerase	P09147	细节
GDP-L-fucose合酶	P32055	细节
延胡索酸酯酶II级	P05042	细节
Alpha-xylosidase	P31434	细节
Shikimate脱氢酶(辅酶ii (+))	P15770	细节
外膜蛋白质TolC	P02930	细节
乳糖透性酶	P02920	细节
蛋白质RbsB核糖导入绑定	P02925	细节
DNA拓扑异构酶1	P06612	细节
Aconitate水合酶B	P36683	细节
2,4-dienoyl-CoA还原酶(NADPH)	P42593	细节
脂质一palmitoyltransferase PagP	P37001	细节
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate还原酶	P04036	细节
Divalent-cation宽容蛋白质CutA	P69488	细节
胸苷磷酸化酶	P07650	细节
Maltose-binding周质蛋白	P0AEX9	细节
Ribokinase	P0A9J6	细节
7-alpha-hydroxysteroid脱氢酶	P0AET8	细节
Delta-aminolevulinic酸脱水酶	P0ACB2	细节
丙酮酸脱氢酶E1组件	P0AFG8	细节
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate醛缩酶,Phe-sensitive	P0AB91	细节
Penicillin-insensitive胞壁质肽链内切酶	P0C0T5	细节
Enoyl -还原酶(NADH) FabI酰基载体蛋白质	P0AEK4	细节
5 ' -methylthioadenosine / S-adenosylhomocysteine核苷酶	P0AF12	细节
黄嘌呤phosphoribosyltransferase	P0A9M5	细节
二氢叶酸还原酶	P0ABQ4	细节
嘌呤核苷磷酸化酶DeoD-type	P0ABP8	细节
甲硫氨酸氨肽酶	P0AE18	细节
cAMP-activated全球转录监管机构CRP	P0ACJ8	细节
酰coa thioesterase我	P0ADA1	细节
Branched-chain-amino-acid转氨酶	P0AB80	细节
B类酸性磷酸酶	P0AE22	细节
可溶性裂解胞壁质transglycosylase	P0AGC3	细节
辅酶A生物合成蛋白质CoaBC双官能	P0ABQ0	细节
Fructose-bisphosphate醛缩酶二班	P0AB71	细节
Phosphate-binding蛋白质pst	P0AG82	细节
趋化性蛋白质崔氏	P0AE67	细节
双功能蛋白GlmU	P0ACC7	细节
AMP核苷酶	P0AE12	细节
细胞色素c - 552	P0ABK9	细节
ATP合酶b亚基	P0ABA0	细节
酪氨酸- tRNA连接酶	P0AGJ9	细节
亚精胺/ putrescine-binding周质的蛋白质	P0AFK9	细节
L-fuculose磷酸醛缩酶	P0AB87	细节
核糖体亚基小假尿苷合酶	P0AA43	细节
胞嘧啶核苷脱氨酶	P0ABF6	细节
Glucarate脱水酶	P0AES2	细节
甘油吸收主持人蛋白质	P0AER0	细节
酰coa thioesterase 2	P0AGG2	细节
阿拉伯糖操纵子调控蛋白	P0A9E0	细节
单链dna结合蛋白质	P0AGE0	细节
磷脂酶A1	P0A921	细节
Amidophosphoribosyltransferase	P0AG16	细节
外膜蛋白	P0A910	细节
甘氨酸betaine-binding周质蛋白	P0AFM2	细节
氢peroxide-inducible基因活化剂	P0ACQ4	细节
外膜蛋白质X	P0A917	细节
2-amino-3-ketobutyrate辅酶A连接酶	P0AB77	细节
释放因子谷氨酰胺甲基转移酶	P0ACC1	细节
Lactaldehyde还原酶	P0A9S1	细节
D-tagatose-1, 6-bisphosphate醛缩酶亚基KbaY	P0AB74	细节
Glyceraldehyde-3-phosphate脱氢酶一	P0A9B2	细节
D-galactose-binding周质蛋白	P0AEE5	细节
Nucleoside-specific channel-forming蛋白质tsx	P0A927	细节
谷胱甘肽S-transferase GstA	P0A9D2	细节
D-alanyl-D-alanine羧肽酶DacA	P0AEB2	细节
5,10-methylenetetrahydrofolate还原酶	P0AEZ1	细节
吡哆醇、吡哆胺5 '磷酸氧化酶	P0AFI7	细节
硫氧还蛋白还原酶	P0A9P4	细节
3-oxoacyl -还原酶FabG酰基载体蛋白质	P0AEK2	细节
脂蛋白NlpI	P0AFB1	细节
硫醇:二硫化DsbC交换蛋白质	P0AEG6	细节
2-iminobutanoate / 2-iminopropanoate脱氨酶	P0AF93	细节
KHG / KDPG醛缩酶	P0A955	细节
天冬氨酸ammonia-lyase	P0AC38	细节
渗透性传感器蛋白质EnvZ	P0AEJ4	细节
次黄嘌呤phosphoribosyltransferase	P0A9M2	细节
可能pyruvate-flavodoxin氧化还原酶	P52647	细节
肽聚糖合酶FtsI	P0AD68	细节
DNA聚合酶III亚基ε	P03007	细节
GMP合成酶(glutamine-hydrolyzing)	P04079	细节
乳糖操纵子阻遏	P03023	细节
FMN-dependent NADH-azoreductase	P41407	细节
可能的磷酸酶YcdX	P75914	细节
谷氨酰胺酶1	P77454	细节
Molybdopterin合酶催化亚基	P30749	细节
ADP化合物水解酶裸体	P45799	细节
o-succinylbenzoate合酶	P29208	细节
葡糖激酶	P0A6V8	细节
腺嘌呤DNA糖基化酶	P17802	细节
漆酶域蛋白质YfiH	P33644	细节
假定的mannosyl-3-phosphoglycerate磷酸酶	P76329	细节
3-mercaptopyruvate sulfurtransferase	P31142	细节
DNA聚合酶III亚基τ	P06710	细节
Flavohemoprotein	P24232	细节
Ecotin	P23827	细节
亚硫酸盐还原酶(NADPH)黄素蛋白α组分	P38038	细节
Deoxyribodipyrimidine photo-lyase	P00914	细节
L-aspartate氧化酶	P10902	细节
UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine还原酶	P08373	细节
烷基氢过氧化物还原酶亚基F	P35340	细节
铁氧还蛋白——辅酶ii还原酶	P28861	细节
蛋白质UshA	P07024	细节
Flavodoxin-1	P61949	细节
氧化还原酶YdhF	P76187	细节
谷氨酸脱羧酶α	P69908	细节
Aminodeoxychorismate裂合酶	P28305	细节
33 kDa chaperonin	P0A6Y5	细节
免费methionine-R-sulfoxide还原酶	P76270	细节
O-acetyl-ADP-ribose脱乙酰酶	P0A8D6	细节
Ribonucleoside-diphosphate还原酶β1亚基	P69924	细节
胱硫醚gamma-synthase	P00935	细节
Maltoporin	P02943	细节
RNA 3 '末端磷酸环化酶	P46849	细节
转酮醇酶1	P27302	细节
传感器蛋白质PhoQ	P23837	细节
DNA拓扑异构酶4 B亚基	P20083	细节
Potassium-transporting atp酶腺苷亚基	P03960	细节
核黄素合酶	P0AFU8	细节
天冬氨酸carbamoyltransferase催化亚基	P0A786	细节
琥珀酸脱氢酶黄素蛋白亚基	P0AC41	细节
双功能连接酶/阻遏BirA	P06709	细节
Ditrans polycis-undecaprenyl-diphosphate合成酶((2 e 6 e) -farnesyl-diphosphate具体)	P60472	细节
Penicillin-binding蛋白2	P0AD65	细节
50年代核糖体蛋白L4	P60723	细节
D-alanyl-D-alanine羧肽酶通道	P08506	细节
DNA-directed RNA聚合酶β亚基的	P0A8T7	细节
30年代核糖体蛋白S14系列	P0AG59	细节
30年代核糖体蛋白向	P0A7S9	细节
30年代S19核糖体蛋白质	P0A7U3	细节
Penicillin-binding蛋白质1 c	P76577	细节
DNA聚合酶IIIβ亚基	P0A988	细节
呼吸硝酸还原酶1α链	P09152	细节
呼吸硝酸还原酶1β链	P11349	细节
呼吸硝酸还原酶1γ链	P11350	细节
水通道蛋白Z	P60844	细节
琥珀酸脱氢酶iron-sulfur亚基	P07014	细节
琥珀酸脱氢酶细胞色素b556亚基	P69054	细节
琥珀酸脱氢酶疏水膜锚亚基	P0AC44	细节
菱形蛋白酶GlpG	P09391	细节
外膜蛋白G	P76045	细节
延胡索酸盐还原酶iron-sulfur亚基	P0AC47	细节
延胡索酸盐还原酶亚基C	P0A8Q0	细节
延胡索酸盐还原酶亚基D	P0A8Q3	细节
外膜蛋白质W	P0A915	细节
细胞分裂的蛋白质安然	P77173	细节
ATP-dependent Clp蛋白酶解蛋白的亚基	P0A6G7	细节
3-hydroxydecanoyl -酰基载体蛋白质脱水酶	P0A6Q3	细节
蛋白质TonB	P02929	细节
Ribosome-recycling因素	P0A805	细节
4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl二磷酸还原酶	P62623	细节
tRNA dimethylallyltransferase	P16384	细节
Lactaldehyde脱氢酶	P25553	细节
Methionyl-tRNA formyltransferase	P23882	细节
可能L-ascorbate-6-phosphate内酯酶UlaG	P39300	细节
2-C-methyl-D-erythritol 4-cyclodiphosphate合成酶	P62617	细节
甲酸脱氢酶、nitrate-inducible大亚基	P24183	细节
甲酸脱氢酶、nitrate-inducible iron-sulfur亚基	P0AAJ3	细节
甲酸脱氢酶、nitrate-inducible细胞色素b556 (Fdn)亚基	P0AEK7	细节
监管蛋白质SdiA	P07026	细节
酰基载体蛋白	P0A6A8	细节
生物素羧化酶	P24182	细节
大肠杆菌素我受体	P17315	细节
可能N-acetylneuraminic酸外膜通道蛋白NanC	P69856	细节
Peptidyl-prolyl顺反异构酶一	P0AFL3	细节
脂肪酸代谢调节蛋白质	P0A8V6	细节
外膜脂蛋白LolB	P61320	细节
Leucyl / phenylalanyl-tRNA——蛋白转移酶	P0A8P1	细节
氨肽酶N	P04825	细节
p蛋白质	P0A9J8	细节
Nickel-binding周质蛋白	P33590	细节
硫醇:二硫化DsbA交换蛋白质	P0AEG4	细节
二硫键形成蛋白B	P0A6M2	细节
D-alanyl-D-alanine肽链内切酶	P0AFI5	细节
50年代L16核糖体蛋白质	P0ADY7	细节
30年代核糖体蛋白S3	P0A7V3	细节
30年代S8核糖体蛋白质	P0A7W7	细节
30年代S7核糖体蛋白质	P02359	细节
DNA促旋酶亚基	P0AES4	细节
碳链脂肪酸——辅酶a连接酶	P38135	细节
制备了含铁细胞受体、事业	P75780	细节
外膜孔蛋白C	P06996	细节
ATP-dependent DNA解旋酶叮	P27296	细节
DNA聚合酶IV	Q47155	细节
UvrABC系统蛋白质	P0A698	细节
内在膜蛋白YdjM	P64481	细节
冷休克蛋白CspA	P0A9X9	细节
蛋白质RecA	P0A7G6	细节