转录调控的多样化:人类基因的假定替代启动子的大规模鉴定和表征。
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木村K、若松A、铃木Y、太田T、西川T、山下R、山本J、关金M、鹤谷K、若久H、石井S、杉山T、斋藤K、异野Y、井里R、草田N、米山T、大冢R、神田K、横井T、近藤H、和松M、村川K、石田S、石桥T、高桥藤A、田濑T、永井K、菊池H、中井K、Isogai T、菅野S
转录调控的多样化:人类基因的假定替代启动子的大规模鉴定和表征。
Genome res 2006 Jan;16(1):55-65。Epub 2005年12月12日
- PubMed ID
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16344560 (PubMed视图］
- 摘要
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通过分析164种低配帽cDNA文库的1780295条人全长cDNA 5'端序列，我们鉴定出14628个人RefSeq基因的269774个独立转录起始位点(tss)位置。这些tss聚成30,964个簇，彼此之间的距离超过500 bp，因此很可能构成相互不同的替代启动子。令我们惊讶的是，至少有7674个(52%)人类RefSeq基因受到假定的替代启动子(pap)的调控。平均每个基因有3.1个pap，一个含有cpg岛的启动子和2.6个不含cpg岛的启动子组成。在17%的含有pap的位点中，观察到组织特异性使用pap。组织特异性pap最丰富的组织来源是睾丸和大脑。另外，含有pap的启动子在编码信号转导相关蛋白的基因中富集，而在编码细胞外蛋白的基因中较少，这可能分别反映了这类基因的不同功能需求和表达受限。第一个外显子的模式也高度多样化。平均而言，每个位点有7.7种不同的第一外显子剪接类型，这部分是由pap产生的，这表明通过这种机制可以实现广泛的转录。我们的研究结果表明，替代启动子的使用以及由此产生的第一外显子的替代使用应该在生成人类高度精细的分子系统所需的复杂性方面发挥关键作用。