人类尿glycoproteomics;附件网站具体分析N -和O-linked糖基化CID和儿童早期开发。

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哈利姆,尼尔森J Ruetschi U,黑森州C,拉尔森G

人类尿glycoproteomics;附件网站具体分析N -和O-linked糖基化CID和儿童早期开发。

摩尔细胞蛋白质组学。2012年4月,11 (4):M111.013649。doi: 10.1074 / mcp.M111.013649。Epub 2011年12月14日。

PubMed ID

22171320 (在PubMed

]

文摘

尿液是一个复杂的蛋白质混合物和废物产品和具有挑战性的生物流体生物标志物的发现。以前的蛋白质组学研究已经确定了2800多尿蛋白但分析旨在揭示多糖结构和尿糖蛋白的糖基化网站缺乏。Glycoproteomic特征仍然是困难的,因为多糖结构的复杂性主要发现在天冬酰胺(N-linked)或丝氨酸/苏氨酸(O-linked)残留。我们已经开发出一种glycoproteomic方法,结合有效的净化尿糖蛋白/糖肤与互补MS-fragmentation糖肽的技术分析。从临床样本大小,我们排除了干扰尿化合物通过透析和冻干浓缩纯化尿蛋白。Sialylated尿糖蛋白是共轭的坚定支持酰肼化学和胰蛋白酶消化。Desialylated糖肤,公布通过轻微的酸水解,以串联实验女士利用碰撞诱导解离(CID)和电子俘获离解碎片技术。在CID-MS(2)、十六进制(5)HexNAc (4) -N-Asn和HexHexNAc-O-Ser /刺通常被观察到,在协议与已知N-linked biantennary复杂类型和O-linked核心1结构,分别。额外的改变特定的N -和O-linked糖肤也确认,如tetra-antennary N-glycans和fucosylated核心2 O-glycans。随后CID-MS(3)的选择fragment-ions CID-MS(2)分析,生成肽具体b -和y-ions用于肽识别。 In total, 58 N- and 63 O-linked glycopeptides from 53 glycoproteins were characterized with respect to glycan- and peptide sequences. The combination of CID and electron capture dissociation techniques allowed for the exact identification of Ser/Thr attachment site(s) for 40 of 57 putative O-glycosylation sites. We defined 29 O-glycosylation sites which have, to our knowledge, not been previously reported. This is the first study of human urinary glycoproteins where "intact" glycopeptides were studied, i.e. the presence of glycans and their attachment sites were proven without doubt.

DrugBank数据引用了这篇文章

多肽

的名字	UniProt ID
凝血酶原	P00734	细节
凝血因子X	P00742	细节
维生素K-dependent蛋白质C	P04070	细节
Alpha-1-acid糖蛋白1	P02763	细节
蛋白质们	P02760	细节
Alpha-1-antitrypsin	P01009	细节
Pro-epidermal生长因子	P01133	细节
地下室membrane-specific硫酸乙酰肝素蛋白多糖核心蛋白质	P98160	细节
CD44抗原	P16070	细节
血浆丝氨酸蛋白酶抑制剂	P05154	细节
Syndecan-2	P34741	细节
等离子体蛋白酶C1抑制剂	P05155	细节
Zinc-alpha-2-glycoprotein	P25311	细节
羧肽酶B2	Q96IY4	细节
Alpha-1-acid糖蛋白2	P19652	细节
脊髓灰质炎病毒受体	P15151	细节
载脂蛋白D	P05090	细节
Ig alpha -链恒定区	P01876	细节
Alpha-2-HS-glycoprotein	P02765	细节
Inter-alpha-trypsin抑制剂重链H2	P19823	细节
重链H4 Inter-alpha-trypsin抑制剂	Q14624	细节
Prostaglandin-H2 D-isomerase	P41222	细节
CD27抗原	P26842	细节