比较在大肠杆菌K-12基因组中编码的蛋白质的预测和观察性质。
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Link AJ, Robison K，教会总经理
比较在大肠杆菌K-12基因组中编码的蛋白质的预测和观察性质。
电泳。1997 Aug;18(8):1259-313。
- PubMed ID
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9298646 (PubMed视图］
- 摘要
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从大量的微生物基因组序列中挖掘假说是“功能基因组学”的一个令人兴奋的前景。在这项工作的最前沿，我们通过评估381个蛋白质的成熟n端、体内丰度、等电点、分子质量和细胞位置，将完整的大肠杆菌基因组序列的预测结果与观察到的基因产物进行了比较。结合二维凝胶电泳(2-DE)和Edman测序对野生型E. coli K-12菌株中富含蛋白质的考马斯氏染色2-DE斑点进行测序。大肠杆菌蛋白质组中90%以上的丰富蛋白质分别位于4-7和10-100 kDa的小等电点和分子质量窗口。我们发现了几个高度丰富的蛋白质，YjbJ, YjbP, YggX, HdeA和AhpC，这是无法仅从基因组序列中预测的。在223个唯一识别的位点中，60%的编码蛋白被蛋白水解处理。如先前报道的那样，当倒数第二个氨基酸是丝氨酸或丙氨酸时，引发剂蛋氨酸被有效地裂解。相反，当倒数第二个氨基酸是苏氨酸、甘氨酸或脯氨酸时，卵裂是可变的，而缬氨酸没有卵裂的信号。虽然信号肽裂解位点倾向于遵循预测的规则，但假定的信号序列的长度偶尔大于共识。对于预测在细胞质或内膜中的蛋白质，与定位在周质或外膜的蛋白质相比，n端氨基酸高度受限。 Although cytoplasmic proteins follow the N-end rule for protein stability, proteins in the periplasm or outer membrane do not follow this rule; several have N-terminal amino acids predicted to destabilize the proteins. Surprisingly, 18% of the identified 2-DE spots represent isoforms in which protein products of the same gene have different observed pI and M(r), suggesting they are post-translationally processed. Although most of the predicted and observed values for isoelectric point and molecular mass show reasonable concordance, for several proteins the observed values significantly deviate from the expected values. Such discrepancies may represent either highly processed proteins or misinterpretations of the genomic sequence. Our data suggest that AhpC, CspC, and HdeA exist as covalent homomultimers, and that IcdA exists as at least three isoforms even under conditions in which covalent modification is not predicted. We enriched for proteins based on subcellular location and found several proteins in unexpected subcellular locations.
引用本文的药物库数据
- 多肽
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的名字 UniProt ID 苹果酸脱氢酶 P61889 细节 30S核糖体蛋白S10 P0A7R5 细节 dna定向RNA聚合酶亚单位 P0A7Z4 细节 天冬氨酸转氨酶 P00509 细节 腺苷酸激酶 P69441 细节 异柠檬酸脱氢酶 P08200 细节 ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase P67910 细节 腐蛋白结合质周蛋白 P31133 细节 NH(3)依赖型NAD(+)合成酶 P18843 细节 Adenylosuccinate合成酶 P0A7D4 细节 Dihydroorotase P05020 细节 维生素B12转运蛋白 P06129 细节 外膜蛋白F P02931 细节 蛋白质YceI P0A8X2 细节 氧不敏感NAD(P)H硝化还原酶 P38489 细节 l -阿拉伯糖结合质周蛋白 P02924 细节 Glucose-1-phosphatase P19926 细节 3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferase P31057 细节 Histidinol脱氢酶 P06988 细节 Argininosuccinate合酶 P0A6E4 细节 鸟氨酸氨甲酰转移酶链I P04391 细节 亚硫酸盐还原酶[NADPH]血蛋白β组分 P17846 细节 外膜蛋白TolC P02930 细节 核糖导入结合蛋白RbsB P02925 细节 附庸水合酶B P36683 细节 麦芽糖结合质周蛋白 P0AEX9 细节 丙酮酸脱氢酶E1组分 P0AFG8 细节 磷酸-2-脱氢-3-脱氧庚酸醛缩酶，磷敏感 P0AB91 细节 烯酰-[酰基载体-蛋白质]还原酶[NADH] FabI P0AEK4 细节 B类酸性磷酸酶 P0AE22 细节 二磷酸果糖醛缩酶2类 P0AB71 细节 磷酸结合蛋白PstS P0AG82 细节 亚精胺/腐胺结合的质周蛋白 P0AFK9 细节 外膜蛋白A P0A910 细节 甘油醛-3-磷酸脱氢酶A P0A9B2 细节 d -半乳糖结合质周蛋白 P0AEE5 细节 硫醇:二硫交换蛋白DsbC P0AEG6 细节 2-iminobutanoate / 2-iminopropanoate脱氨酶 P0AF93 细节 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase P31142 细节 Flavohemoprotein P24232 细节 Ecotin P23827 细节 蛋白质UshA P07024 细节 谷氨酸脱羧酶 P69908 细节 天冬氨酸氨甲酰转移酶催化亚基 P0A786 细节 琥珀酸脱氢酶黄蛋白亚基 P0AC41 细节 50S核糖体蛋白L4 P60723 细节 琥珀酸脱氢酶铁硫亚基 P07014 细节 Ribosome-recycling因素 P0A805 细节 Lactaldehyde脱氢酶 P25553 细节 生物素羧化酶 P24182 细节 硫醇:二硫交换蛋白DsbA P0AEG4 细节 外膜孔 P06996 细节