蛋白质与N和c端序列标签识别蛋白质组的项目。
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威尔金斯先生,Gasteiger E, Tonella L, Ou K,泰勒M,桑切斯JC,·古利AA,沃尔什BJ, Bairoch, Appel RD,威廉姆斯KL Hochstrasser DF
蛋白质与N和c端序列标签识别蛋白质组的项目。
J杂志。1998年5月8日,278 (3):599 - 608。
- PubMed ID
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9600841 (在PubMed]
- 文摘
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基因组序列可用于越来越多的生物。蛋白质组(基因组所表达的蛋白质补充)的众多生物正在研究与二维(2 d)凝胶电泳。这里我们有调查的应用短n端和c端序列标签识别蛋白质的二维凝胶上分离。519年的理论N和C末端15日蛋白质,代表所有SWISS-PROT条目尿道支原体的生物,枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、酿酒酵母和人类,进行分析。序列标签被发现是令人惊讶的是特定的,四个氨基酸残基的氨基端标记发现独特的43%至83%的蛋白质,和c端标记四个氨基酸残基的独特的蛋白质为74%到97%之间,这取决于物种的研究。发现了5个氨基酸残基的序列标签更加具体。利用这种特异性的蛋白质序列标签识别,我们创建了一个web可访问全球蛋白质识别程序,TagIdent (http://www.expasy.ch/www/tools.html),这六个氨基酸残基的匹配序列标签以及估计蛋白质π和质量在swiss - prot数据库中对蛋白质。我们证明这种识别方法的效用序列标签来自91个不同的大肠杆菌蛋白质纯化二维凝胶电泳。51蛋白质是明确确定的序列标签,估计π和质量,和另外11蛋白质识别序列标签结合时蛋白质氨基酸组成数据。我们conlcude TagIdent识别方法是最适合从原核生物蛋白质的识别的完整基因组序列。 The approach is less well suited to proteins from eukaryotes, as many eukaryotic proteins are not amenable to sequencing via Edman degradation, and tag protein identification cannot be unambiguous unless an organism's complete sequence is available.