准确预测的质子化作用状态作为可靠的先决条件MM-PB (GB) SA hiv - 1蛋白酶抑制剂的结合自由能的计算。

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Wittayanarakul K, Hannongbua年代,母鼠M

准确预测的质子化作用状态作为可靠的先决条件MM-PB (GB) SA hiv - 1蛋白酶抑制剂的结合自由能的计算。

J第一版化学。2008年4月15日,29 (5):673 - 85。

PubMed ID

17849388 (在PubMed

]

文摘

抑制剂lopinavir结合自由能计算,例如saquinavir, indinavir, amprenavir,奈非那韦hiv - 1蛋白酶。MMPB / SA-type分析应用于构象样本3 ns显式溶剂分子动力学模拟酶抑制剂复合物。绑定亲和力和抑制剂与酶的构象采样比较不同hiv - 1蛋白酶的质子化作用状态找到最可能的质子化作用状态复杂的酶的抑制剂。由此产生的质子化作用状态导致协议计算和实验结合亲和力好。MMPB / SA)分析的结果与一个显式或隐式混合动力方案和MMGB / SA)的方法。发现包含明确的水分子可能会提供一个微弱的优势,在繁殖绝对的结合自由能的使用广义玻恩近似计算的准确性有很大的影响绑定亲和力。

DrugBank数据引用了这篇文章

药物靶点

药物	目标	类	生物	药理作用	行动
Amprenavir	人类免疫缺陷病毒1型蛋白酶	蛋白质	人类免疫缺陷病毒1	是的	抑制剂	细节
Indinavir	人类免疫缺陷病毒1型蛋白酶	蛋白质	人类免疫缺陷病毒1	是的	抑制剂	细节
Lopinavir	人类免疫缺陷病毒1型蛋白酶	蛋白质	人类免疫缺陷病毒1	是的	抑制剂	细节
奈非那韦	hiv - 1蛋白酶	蛋白质	人类免疫缺陷病毒	是的	抑制剂	细节
例如	人类免疫缺陷病毒1型蛋白酶	蛋白质	人类免疫缺陷病毒1	是的	抑制剂	细节
Saquinavir	人类免疫缺陷病毒1型蛋白酶	蛋白质	人类免疫缺陷病毒1	是的	抑制剂	细节