一种基于概率的高通量蛋白质磷酸化分析和位点定位方法。

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Beausoleil SA, Villen J, Gerber SA, Rush J, Gygi SP

一种基于概率的高通量蛋白质磷酸化分析和位点定位方法。

生物技术。2006 10月24(10):1285-92。Epub 2006 9月10日。

PubMed ID

16964243 (在PubMed

］

摘要

当试图通过纳米级反相液相色谱/串联质谱(LC-MS/MS)识别大量蛋白质磷酸化位点时，数据分析和解释仍然是主要的后勤挑战(补充图1在线)。在本报告中，我们解决了通常只能通过费力的手工验证解决的挑战，包括数据集错误、数据集敏感性和磷酸化位点定位。我们提供了一个大规模的磷酸化数据集，其错误率由目标-诱饵方法确定，我们演示了一种通过有效分散不正确的肽谱匹配(psm)来最大化数据集灵敏度的方法，并提出了一个基于概率的评分，评分，衡量基于MS/MS光谱中位点决定离子的存在和强度的正确磷酸化位点定位的概率。我们以全自动的方式将我们的方法应用于诺可达唑捕获的HeLa细胞裂解液，从491个蛋白质中鉴定出1761个非冗余磷酸化位点，肽假阳性率为1.3%。

引用本文的药库数据

多肽

的名字	UniProt ID
丙酮酸激酶11	P14618	细节
DNA连接酶3	P49916	细节
双官能谷氨酸/脯氨酸——tRNA连接酶	P07814	细节
DNA连接酶1	P18858	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶A-Raf	P10398	细节
Abelson酪氨酸蛋白激酶2	P42684	细节
cgmp抑制的3'，5'-环磷酸二酯酶A	Q14432	细节
Chromodomain-helicase-DNA-binding蛋白1	O14646	细节
Choline-phosphate cytidylyltransferase一	P49585	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶b - raf	P15056	细节
胞质磷脂酶A2	P47712	细节
Pyrroline-5-carboxylate还原酶2	Q96C36	细节
DNA拓扑异构酶2α	P11388	细节
糖皮质激素受体	P04150	细节
CTP合酶1	P17812	细节
信号转换器和转录激活器5B	P51692	细节
脂肪酸合酶	P49327	细节
脱氧尿苷5'-三磷酸核苷酸水解酶，线粒体	P33316	细节
胸苷激酶,胞质	P04183	细节
Kinesin-like蛋白质KIF11	P52732	细节
角蛋白，II型细胞骨架	P05787	细节
依赖吡哆醛的脱羧酶结构域蛋白1	Q6P996	细节
钼辅因子sulfurase	Q96EN8	细节
多功能蛋白ADE2	P22234	细节
CAD蛋白质	P27708	细节
蛋白质法尼基转移酶/香叶基香叶基转移酶1型亚基α	P49354	细节
DNA拓扑异构酶2β	Q02880	细节
核糖核苷二磷酸还原酶亚基M2	P31350	细节
依赖nadd的蛋白去乙酰化酶sirtuin-1	Q96EB6	细节
Gephyrin	Q9NQX3	细节
局部粘附激酶1	Q05397	细节
整合素β4	P16144	细节
远上游元素结合蛋白1	Q96AE4	细节
热休克蛋白-1	P04792	细节
Ribosome-binding蛋白1	Q9P2E9	细节
Microtubule-associated蛋白4	P27816	细节
核受体共激活剂2	Q15596	细节
蛋白酶体亚基阿尔法-3型	P25788	细节
蛋白酶体亚基α -5型	P28066	细节
核糖体蛋白S6激酶α -1	Q15418	细节
SRSF蛋白激酶2	P78362	细节
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1	P30419	细节
RNA聚合酶II转录亚基1的介质	Q15648	细节
Epsin-1	Q9Y6I3	细节
波形蛋白	P08670	细节
Uridine-cytidine kinase-like 1	Q9NWZ5	细节
肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物	O14964	细节
核糖体蛋白S6激酶α -3	P51812	细节
Dihydropyrimidinase-related蛋白2	Q16555	细节
核仁和盘体磷酸蛋白1	Q14978	细节
60 kDa热休克蛋白，线粒体	P10809	细节
Hepatoma-derived生长因子	P51858	细节
周期蛋白依赖性激酶抑制剂1	P38936	细节
异质核核糖核蛋白K	P61978	细节
远上游元素结合蛋白2	Q92945	细节
富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白质	P21291	细节
Filamin-A	P21333	细节
60S核糖体蛋白L18	Q07020	细节
剪接因子1	Q15637	细节
Zyxin	Q15942	细节
Myosin-9	P35579	细节
剪接因子3B亚基1	O75533	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶TAO1	Q7L7X3	细节
ap2相关蛋白激酶1	Q2M2I8	细节
酪蛋白激酶I亚型	P48729	细节
丝裂原激活蛋白激酶激酶11	Q16584	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶MARK2	Q7KZI7	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶Nek9	Q8TD19	细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PAK 1	Q13153	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶N1	Q16512	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶N2	Q16513	细节
丝氨酸/ threonine-protein激酶10	O94804	细节
Histone-lysine N-methyltransferase EZH2	Q15910	细节
Exportin-1	O14980	细节
POU结构域，第2类，转录因子1	P14859	细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体12型	Q05209	细节
钼嘌呤合酶催化亚基	O96007	细节
增殖标志蛋白Ki-67	P46013	细节