编码非同义单核苷酸多态性的检测和验证正交猎枪蛋白质组学数据的分析。
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编码非同义单核苷酸多态性的检测和验证正交猎枪蛋白质组学数据的分析。
J蛋白质组研究》2007年6月,6 (6):2331 - 40。2007年5月9日Epub。
- PubMed ID
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17488105 (在PubMed]
- 文摘
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正交分析氨基酸替换由于snp在现有蛋白质组学数据集提供了一个新兴的以人群为基础的蛋白质组学领域的关键基础。大规模蛋白质组学数据集,源自猎枪串联女士分析复杂的细胞蛋白质混合物,包含许多未赋值的光谱可能对应于交替snp等位基因编码。这项工作的目的是确定串联女士在质谱/女士猎枪蛋白质组学数据集可能代表编码产生的单核苷酸多态性(nsSNP)。为此,我们生成的胰蛋白酶的肽数据库创建的等位基因在NCBI dbSNP发现的信息。我们搜必威国际app查了这个数据库与串联的胰蛋白酶的肽谱女士DU4475乳腺肿瘤细胞被π分数在第一个维度和反相LC在第二个维度。我们确认629 nsSNPs,其中36例的交替SNP等位基因中没有参考NCBI或IPI蛋白质数据库。必威国际app搜索SNP-peptides携带高误报的风险,由于质量变化引起的修改,因为多个表示相同的基因组内的肽。在这项工作,假阳性筛选使用小说肽π预测算法和特征使用诱饵数据库由随机替换同样大小的参考多肽。二次验证相应的基因组DNA的测序证实了预言的存在在8 10 SNP-peptides SNP。这项工作强调,解释的有效性未赋值的光谱多态性是高度依赖的能力检测和过滤假阳性。