结合热点和金刚烷胺取向的甲型流感病毒M2质子通道。
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壮族GY, Kozakov D, Brenke R, Beglov D, Guarnieri F, Vajda年代
结合热点和金刚烷胺取向的甲型流感病毒M2质子通道。
Biophys j . 2009年11月18日,97(10):2846 - 53年。doi: 10.1016 / j.bpj.2009.09.004。
- PubMed ID
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19917240 (在PubMed]
- 文摘
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结构截断版本的甲型流感病毒M2质子通道最近决定开放构型的x射线结晶学的通道,通过核磁共振在关闭状态。结构不同位置的抑制剂。x射线结构显示一个金刚烷胺分子中间的通道,而在NMR结构四个药物分子绑定在英吉利海峡的外表面。研究这个争议我们应用计算溶剂映射,技术开发的识别大多数制药绑定热点的蛋白质。分子探针移动方法——含有不同官能团的有机小分子的蛋白质表面,发现有利的位置使用经验自由能函数,集群构象,排名集群的基础上平均自由能。映射的结果表明,这两种结构的主要热点是一个内部腔重叠的金刚烷胺结合位点的x射线结构。然而,这两种结构在外部位置也有较弱的热点,结合金刚乙胺在NMR结构中,虽然这些网站是部分由于良好的互动与脂质双分子层的界面区域。作为对接的计算,证实了明渠结合金刚烷胺在更有利的内部网站,与x射线结构良好的协议。相比之下,NMR结构是基于肽/胶束结构能够适应小分子探针用于映射,但对金刚烷乙胺访问太窄孔隙内部热点,因此药物只能绑定在外部网站。