胃癌激酶组基因和结构变化显示通过有针对性的深度测序。
文章的细节
-
引用
复制到剪贴板 -
藏ZJ、Ong CK Cutcutache我于W,张SL,黄D, l LD, Dykema K,甘,道J, Lim年代,刘Y, Futreal PA, Grabsch H, Furge KA,吴路,Rozen年代,格兰BT,谭P
胃癌激酶组基因和结构变化显示通过有针对性的深度测序。
癌症研究》2011年1月1;71 (1):29-39。doi: 10.1158 / 0008 - 5472. - 10 - 1749。Epub 2010年11月19日。
- PubMed ID
-
21097718 (在PubMed]
- 文摘
-
基因改变在激酶与多种人类疾病。探讨景观的激酶基因变异在胃癌(GC),我们使用目标,paired-end深测序分析532蛋白质和磷酸肌醇激酶在14个GC细胞系。我们确定了10604个单核苷酸变异(SNV)激酶外显子包括大于300小说产生SNVs。Family-wise分析产生SNVs显示增殖作用的一个重要浓缩蛋白激酶(MAPK) -相关基因(P < 0.01),表明这个激酶家族参与GC优惠。MAP2K4潜在antioncogenic角色,一个基因表现出周期性变化在2线,由siRNA可拆卸的功能支持,超表达野生型和MAP2K4变体的研究。深度测序数据还揭示了小说,大型结构重排事件涉及激酶包括基因融合涉及CDK12和MKN7 ERBB2受体酪氨酸激酶的细胞。整合SNVs和拷贝数的改变,我们认为Hs746T细胞系表现出剪切位点突变和基因扩增的满足,导致了过度的蛋白质。当应用于初级GCs,我们发现8体细胞突变激酶4循环的改变在原发性肿瘤和细胞系(MAP3K6, STK31,拿来和CDKL5)。这些结果说明如何有针对性的深度测序方法可以提供前所未有的多层次特征的医学和药物相关基因家族。激酶组组装的遗传变异的目录可以拓宽我们的知识激酶基因改变在GC并提供有用的信息。